چيست آن جز مسلك عقل مصونگر ندارى هستى از لايعقلون
خوار شبهت نيست جز در راه وهمدر خرد بد ظن مشو اى كور فهم
از هيولا وهم را پاى كج استكج نظر پندارد اين ره اعوج است ¹
وهو أيضا يخالف الاُصول والاجتهاد، وقد صرّح بذلك في مواضع متعدّدة من كتبه خصوصا في الصافي والشافي، وتمسّك بظاهر بعض الأحاديث لإثبات رأيه، وفي بعض الموارد استعان بتأويل بعض الأحاديث.

3. آراء معاصريه فيه

إنّ منزلته العلميّة والاجتماعيّة كانت السبب في أن يتعرّض لذكر حياته وترجمته أغلب المترجمين والشارحين في كتبهم، ونقلوا آراءه، ولكي نتعرّف على منزلته عند معاصريه لابدّ أن ننقل ما ذكروه في حقّه ملخّصا، وهو كالآتي:

1/3. ولي قلي شاملو

لقد أدرك ولي قلي شاملو أواخر عمر ملّا خليل، ففي قصص الخاقاني عند ذكر معاصري السلطان عبّاس الصفوي من العلماء، ذكره بعنوان العالم الثالث بعد ملّا رفيعا وآقا حسين الخوانساري، وكتب:
رأس و رئيس فقهاى اماميه و اسوه و قدوه علماى اثنا عشرية ـ عليهم السلام و التحية ـ شارح اصول كلينى، مولانا محمّد خليل قزوينى؛ ذكر مناقب و فضائل آن صدر نشين محفل فضليت، زياده از آن است كه خامه حقيقت ترجمه به اظهار شمّه يى از آنها مبادرت تواند جست. نور دانش از ناحيه گفتارش ظاهر و شعشعه كوكبِ تفضّل از سيماى اعمالش هويداست. اوقات فرخنده ساعات آن قدوه اهل فضل از مبادى سنّ شباب ـ كه اول فصل بهار طبع معنى انتخاب است ـ الى الان (كه هزار و هفتاد و شش هجرى و عمر شريف آن صاحب تصانيف از عقد هشتاد متجاوز است) به تحصيل علوم دينى وحكمت نظرى صرف شده،

إلى قزوين بالرغم من إصرار الفيض على بقائه في كاشان؛ حذرا عن تخلّل شائبة في إخلاصه. ^۱
2. لما عرف ملّا خليل القزويني أنّ المحقّق الخوانساري قد نقد رأيه في مسألة «الترجيح بلا مرجّح» وبطلان القياس من الشكل الأوّل في المنطق، توجّه من قزوين إلى إصفهان كي يناقشه في هاتين المسألتين، ولكن اتّفق أن واجه أحد تلامذة المحقّق الخوانساري، وهو الملّا ميرزا الشرواني (م 1099ق) ووصل إلى مرامه، حيث إنّ التلميذ بيّن وجه الخطأ في رأيه، وبين وجه صحّة رأي اُستاذه المحقّق الخوانساري، وعندها اعترف الملّا خليل باشتباهه وأذعن إلى الرأي المقابل ورجع إلى قزوين. ^۲
3. ونقل أيضا: أنّه قدس سره لاقاه يوما أحد جنود الحكّام الظلمة، وبيده براة حوالة شعير موجّهة إلى بعض الفلّاحين الفقراء، فأخذ ملّا خليل تلك الحوالة من يد الجندي، ولمّا قرأها قال: إنّ هذه الحوالة باسم هذا العبد، واصطحب الجندي إلى منزله وسلّمه الشعير المقدّر فيها، فأخذه الجندي ورجع، فلمّا صار الليل وعرضوا ذلك الشعير على خيول الملك لم تأكل من محصول كد يمين ذلك العالم، وبقي الجميع في حيرة. ^۳

8/2. الردّ على الفلاسفة

كان المترجم يخالف الفلاسفة، وقد صرّح بذلك في مواضع متعدّدة من شرحيه على الكافي، وكان يرى أنّ الاستدلال لا يوصل إلى المعرفة، وقد تعرّض السيّد ميرداماد إلى نظريّة ملّا خليل في هذه الأبيات الشعريّة وانتقدها:

اى كه گفتى پاى چوبين شد عليلور نه بودى فخر رازى بى بدليل
فخر رازى نيست جز مرد شكوكگر تو مردى از نصيرالدين بكوك
هست در تحقيق برهان اوستادداده خاك خرمن شبهت به باد
در كتاب حق اولوالألباب بينوآن تدبّر را كه كرده آفرين؟