ومنصب القضاء إلى أن توفّي في 21 شهر رمضان سنة 1104 ودفن في الصحن العتيق .
قال اخُوه الشيخ أحمد في درّ المسلوك :
في اليوم الحادي والعشرين من شهر رمضان سنة 1104 كان مغرب شمس الفضيلة والإفاضة والإفادة ، ومحاق بدر العلم والعمل والعبادة ، شيخ الإسلام والمسلمين وبقيّة الفقهاء والمحدّثين ، الناطق بهداية الاُمّة وبداية الشريعة ، الصادق في النصوص والمعجزات ووسائل الشيعة ، الإمام الخطيب الشاعر الأديب ، عبد ربّه العظيم العليّ ، الشيخ أبو جعفر محمّد بن الحسن الحرّ العاملي المنتقل إلى رحمة باريه عند ثامن مواليه ... وهو أخي الأكبر ، صلّيت عليه في المسجد تحت القبّة جنب المنبر ، ودفن في إيوان حجرة في الصحن الروضة ملاصقة لمدرسة ميرزا جعفر ، وكان قد بلغ عمره اثنين وسبعين ^۱ وهو أكبر منّي بثلاث سنين إلاّ ثلاثة أشهر. ^۲
وأمّا مؤلّفاته فكثيرة ، وكان من أشهرها وأهمّها تفصيل وسائل الشيعة إلى تحصيل مسائل الشريعة ، طبع مكررّا .
وقال في الأمل :
تشمل على جميع أحاديث الأحكام الشرعية الموجودة في الكتب الأربعة وسائر الكتب المعتمدة أكثر من سبعين كتابا مع ذكر الأسانيد و أسماء الكتب وحسن الترتيب ، وذكر وجوه الجمع مع الاختصار . ^۳

وطبع من مؤلّفاته :

أمل الآمل ؛
إثبات الهداة بالنصوص والمعجزات ؛
الاثنا عشرية في الردّ على الصوفية ؛

أربع وعشرين سنة ، وحجّ فيها أيضا مرّتين ، وزار أئمّة العراق عليهم السلام أيضا مرّتين .
ثمّ ذكر مؤلّفاته وبعض أشعاره ^۱
وصرّح في خاتمة الأمل ^۲ أنّ وروده المشهد الرضوي كان سنة 1073 .
قال المحبّي في خلاصة الأثر:
قدم مكّة سنة 1087 أو 1088 ، وفي الثانية منهما قتلت الأتراك بمكّة جماعة من العجم لما اتّهموهم بتلويث البيت الشريف حين وجد ملوّثا بالعذرة ، وكان صاحب الترجمة قد أنذرهم قبل الواقعة بيومين وأمرهم بلزوم بيوتهم لمعرفته على ما زعموا بالرمل ، فلمّا حصلت المقتلة فيهم خاف على نفسه ، فالتجأ إلى السيّد موسى بن سليمان أحد أشراف مكّة الحسنيين ، وسأله أن يخرجه من مكّة إلى نواحي اليمن ، فأخرجه مع أحد رجاله إليها . ^۳
وفي الروضات :
وقد مرّ قدس سره في طريق سفره إلى المشهد المقدّس بأرض إصفهان ، ولاقى بها كثيرا من علمائنا الأعيان ، ومن أنسهم به صحبة وأمسهم به اُخوة في تلك البلدة هو سميّنا العلاّمة المجلسي أعلى اللّه مقامه ، وكان كلّ واحد منهما أيضا قد أجاز صاحبه هناك ، حيث يقول صاحب الترجمة في بيان ذلك ـ بعد تفصيله أسماء الكتب المعتمدة التي ينقل عنها في كتاب الوسائل ـ : ونرويها أيضا عن المولى الأجل الأكمل الورع المدقّق مولانا محمّد باقر بن الأفضل الأكمل مولانا محمّد تقى المجلسي أيّده اللّه تعالى ، وهو آخر من أجازني وأجزت له ... و ذكر سميّنا العلاّمة أيضا نظيره في مجلّد الإجازات من البحار . ^۴
كان رحمه اللّه متوطّنا في المشهد المقدّس الرضوي واُعطي شيوخة الإسلام