سرانجام وى در بيست و دوم ماه رجب المرجّب سال 1246 هجرى قمرى دارفانى را وداع گفت، و بر نعش شريف او حاجى كلباسى نماز گزارد، سپس جنازه مطهر او به نجف اشرف انتقال يافت و پس از استقبال شيخ على بن شيخ جعفر نجفى، از او، بنا به وصيتش وى را در كفش كن حرم حضرت اميرالمؤمنين در درگاه باب طوسى دفن نمودند ۱ .
شاگردان :
گويند در كرسى درس مرحوم آخوند ملاعلى شاگردان بيشمارى حاضر بوده اند كه مشهورترين آنها عبارتند از:
1 . ميرزا حسن نورى فرزند مؤلف 2 . ملا عبداللّه زنوزى
3 . ملا محمد جعفر لنگرودى 4 . ملا مصطفى قمشه اى
5 . ملا اسماعيل واحد العين 6 . سيد رضى لاريجانى
7 . ملا امامى قزوينى 8 . ميرزا سليمانى تنكابنى
9 . سيد محمد حسين تنكابنى 10 . ميرزا سيد محمد حسن فانى زنوزى
11 . ميرزا ابوالقاسم راز شيرازى 12 . ملا محمد حلى نورى
13 . ملا اسماعيل درب كوشكى 14 . ميرزا حسن چينى
15 . حاج ملا هادى سبزوارى 16 . . . .
آثار ۲ :
از حكيم ملا على نورى بيش از چهل اثر بر جاى مانده كه بيشتر
1.جهت تفصيل زندگى او بنگريد: روضات الجنات، ج ۴، ص ۴۰۸ . ۴۱۰؛ قصص العلماء، ص ۱۵۰ و ۱۵۱؛ ريحانة الادب، ج ۶، ص ۲۶۱ و ۲۶۲؛ مكارم الآثار، ج ۴، ص ۱۲۶۴ . ۱۲۶۷؛ مجمع الفصحاء، ج ۲، ص ۴۹۶؛ رياض العارفين، ص ۳۲۸؛ معجم المؤلفين، ج ۷، ص ۵۴؛ رجال بامداد، ج ۶، ص ۱۵۴؛ يادداشتهاى قزوينى، ص ۲۲۴۸؛ تاريخ حكما و عرفا، ص ۳۰ . ۴۰ .
2.مجموعه آثار مستقل حكيم ملاعلى نورى به همراه شرح مبسوط زندگانى وى، تا چندى ديگر توسط نگارنده به طبع خواهد رسيد.
