آيات و روايات به شدت انتقاد كرده است. اين انتقاد اختصاص به فلسفه ندارد، بلكه ايشان در كنار فلسفه، به عرفان و به ويژه تصوف نيز تاخته است. اين امر در لابه لاى بسيارى از نگاشته هاى اين محدث بزرگ انعكاس يافته است.
البته بايد توجه داشت كه علامه مجلسى با مطلق عقل گرايى هيچ مخالفتى نداشته و خود از آن دفاع كرده است. به همين دليل است كه ايشان در مقابل اخباريان از اجتهاد و استنباط دفاع كرده و از آنان به خاطر تعطيل هرگونه عقل گرايى در برخورد با آيات و روايات انتقاد كرده است.
به عنوان مثال در ذيل روايت «ما أحد ابتدع بدعة إلاّ ترك بها سنّة؛ هيچ كس بدعتى را بنيان نگذاشت مگر به خاطر آن سنّتى را رها ساخت». ^۱
چنين آورده است:
ربما يقال هذه الاخبار تدل على نفى الاجتهاد مطلقاً و فيه إن للمحدثين ايضاً نوعاً من الاجتهاد يقع منهم الخطأ والصواب؛ ^۲
ممكن است گفته شود كه اين روايات مطلق اجتهاد را نفى مى كند، اما اين مدعا نادرست است؛ زيرا محدثان نيز داراى نوعى اجتهادند كه گاه به صواب مى انجامد و گاه به خطا مى رود.
البته بايد دانست نفى مطلق اجتهاد از سوى شمارى از اخباريان مطرح شده است؛ چنان كه آنان تنها منبع فهم دين را كتاب و سنت مى شناسند. ^۳ ميان محدثان و اخباريان عموم من وجه وجود دارد؛ يعنى هر محدثى ضرورتاً اخبارى نيست، چنان كه ممكن است شخص بى آنكه محدث باشد تفكر اخبارى داشته باشد.
علامه مجلسى در جايى ديگر، سخن بنيانگذار اخباريان، يعنى محدث امين الدين استرآبادى را نقل مى كند. اين محدث اخبارى در كتاب معروفش الفوائد المدنية گفته است