اصل نخست، در باب توحيد و اقسام آن، چهار قاعده فضيلت توحيد، تعريف توحيد، تقسيم توحيد و چگونگى توحيد را شامل شده است.
اصل دوم، درباره استشهاد در باب حقيقت توحيد و شامل استشهاد به كلام خداى تعالى و سخنان انبيا، اوليا و مشايخ (صوفيه) است.
اصل سوم، زير عنوان توابع و لواحق اسرار شرايع الهى، دربرگيرنده قواعد بيان شريعت، طريقت و حقيقت، اسرار نبوت و رسالت و ولايت، بيان وحى و الهام و كشف و بيان اسلام و ايمان و ايقان است.
به طور كلّى، وجهه همت آملى در اين كتاب، عرضه و تبيين آراى عرفانى با استفاده از آيات و روايات و سازگار نشان دادن مبانى دينى و شيعى و ديدگاههاى صوفيان در باب مقولات مهم اعتقادى، مانند توحيد، نبوت، ولايت، اسلام و ايمان است.
او خود در اين باره مى گويد:
اين كتاب مشتمل است بر اعظم اقوال صوفيان و شيعيان و معارضات و مجادلات ايشان، و اقوال علماى ظاهر و سخنان انبيا و اوليا(ع) از باب استشهاد. و غرض آن است كه شيعه، صوفيه و صوفيه، شيعه گردند. ^۱

مرحوم شيخ آقا بزرگ تهرانى نيز در اين زمينه مى نويسد:

حاول فيه الجمع بين المتضادات و المتعارضات من أقوال الصوفيّة و توجيه كلماتهم بما ينطبق على الشريعة ؛
آملى در جامع الأسرار كوشيد تا ميان سخنان ضد و نقيض و ناسازگار صوفيان آشتى دهد و گفتار ايشان را بر آنچه منطبق با شريعت است، توجيه كند. ^۲
از نظر آملى، فرقه اماميه، دو گروه هستند:
گروهى به ظاهر علوم ائمه(ع)؛ يعنى شريعت و اسلام و ايمان پرداختند و گروهى به باطن علوم ايشان،يعنى طريقت و حقيقت و ايقان نظر دوختند.