مورخان گفته اند كه يعقوب عليه السلام پس از آنكه به مصر آمد و خانواده اش را به مصر آورد، بيست و چهار سال در راحتى و آسايش و وسعت نعمت زندگى كرد و در مصر از دنيا رفت. وقتى كه مرگ او نزديك شده بود، به يوسف عليه السلاموصيت كرد كه مرا به شام پيش پدرم ببر و در آنجا دفن كن. يوسف عليه السلام نيز همين كار را كرد. سعيد بن جبير گفته است كه يعقوب عليه السلامرا تا بيت المقدس در تابوتى از ساج گذاشتند. وقتى تابوت به آنجا رسيد در همان روز اتفاقا برادر يعقوب عليه السلام هم وفات يافته بود. و هر دو را كه با هم به دنيا آمده بودند و عمرشان صد و چهل و هفت سال بود با هم در يك قبر به خاك سپردند.
گفته اند كه وقتى خداوند متعال يوسف عليه السلام را به آرزويش رساند و آنچه را مى خواست به او داد و جمع پريشانِ آنان را جمع كرد و پادشاهى و نعمت دنيا را در حق آنان تمام كرد، يوسف عليه السلامفكر كرد كه اينها هم نمى ماند و ناگزير بايد از آن جدا شد. تمناى بهشت در دلش افتاد و آرزوى مرگ كرد تا به بهشت رود، آرزويى كه هيچ پيغمبرى قبل از او و بعد از او نكرده بود. گفت: بار خدايا، از پادشاهى دنيا به من بهره اى تمام و كامل دادى و علم تعبير خواب به من آموختى، اى آفريننده آسمان ها و زمين كه خداوند من هستى و در دنيا و آخرت بر من اولى ترى از من، جان مرا بگير و مرا مسلمان از اين دنيا ببر و به صالحان و نيكان برسان؛ يعنى مرا با پدران خود محشور كن و به درجات آنان برسان. خداوند متعال او را در سرزمين مصر، وفات داد و او را در صندوقى از رخام در رود نيل دفن كردند؛ زيرا وقتى يوسف عليه السلام فرمان خداى اجابت كرد و به سراى باقى شتافت، مردم مصر درباره محل دفن او با هم مشاجره كردند و هر كدام گفتند ما او را در محله خود دفن مى كنيم كه مايه خير و بركت محله ما