مورخان گفته اند كه يعقوب عليه السلام پس از آنكه به مصر آمد و خانواده اش را به مصر آورد، بيست و چهار سال در راحتى و آسايش و وسعت نعمت زندگى كرد و در مصر از دنيا رفت. وقتى كه مرگ او نزديك شده بود، به يوسف عليه السلاموصيت كرد كه مرا به شام پيش پدرم ببر و در آنجا دفن كن. يوسف عليه السلام نيز همين كار را كرد. سعيد بن جبير گفته است كه يعقوب عليه السلامرا تا بيت المقدس در تابوتى از ساج گذاشتند. وقتى تابوت به آنجا رسيد در همان روز اتفاقا برادر يعقوب عليه السلام هم وفات يافته بود. و هر دو را كه با هم به دنيا آمده بودند و عمرشان صد و چهل و هفت سال بود با هم در يك قبر به خاك سپردند.
گفته اند كه وقتى خداوند متعال يوسف عليه السلام را به آرزويش رساند و آنچه را مى خواست به او داد و جمع پريشانِ آنان را جمع كرد و پادشاهى و نعمت دنيا را در حق آنان تمام كرد، يوسف عليه السلامفكر كرد كه اينها هم نمى ماند و ناگزير بايد از آن جدا شد. تمناى بهشت در دلش افتاد و آرزوى مرگ كرد تا به بهشت رود، آرزويى كه هيچ پيغمبرى قبل از او و بعد از او نكرده بود. گفت: بار خدايا، از پادشاهى دنيا به من بهره اى تمام و كامل دادى و علم تعبير خواب به من آموختى، اى آفريننده آسمان ها و زمين كه خداوند من هستى و در دنيا و آخرت بر من اولى ترى از من، جان مرا بگير و مرا مسلمان از اين دنيا ببر و به صالحان و نيكان برسان؛ يعنى مرا با پدران خود محشور كن و به درجات آنان برسان. خداوند متعال او را در سرزمين مصر، وفات داد و او را در صندوقى از رخام در رود نيل دفن كردند؛ زيرا وقتى يوسف عليه السلام فرمان خداى اجابت كرد و به سراى باقى شتافت، مردم مصر درباره محل دفن او با هم مشاجره كردند و هر كدام گفتند ما او را در محله خود دفن مى كنيم كه مايه خير و بركت محله ما

قحطى در ازاى غذا خريده ام و امروز از مباركى و يمن ديدار تو همه را آزاد كرده ام. پدر، اين تأويل همان خوابى است كه من ديده بودم. خداى عزّ و جلّ در حق من بخشش و نيكويى تمام كرد و مرا از زندان بيرون آورد و خواب مرا راست كرد.
در برخى داستان ها آمده است كه وقتى يوسف و يعقوب عليهماالسلام با هم به صحبت و خلوت نشستند، يعقوب عليه السلام گفت: يوسف، برادران تو چه كردند؟ يوسف عليه السلام گفت: اى پدر، چرا از من مى پرسى كه برادران من چه كردند؟ از من بپرس كه خدا با من چه كرد؟ يعقوب عليه السلام پرسيد: چه كرد؟ يوسف عليه السلامجواب داد: با من خوبى و نيكويى كرد و بعد از آنكه شيطان ميان من و برادرانم دورى افكنده بود و دوستى ما را تباه كرده بود، مرا از زندان درآورد و شما را به من بازگرداند.
مفسران در باره مدت دورى يعقوب عليه السلام از يوسف عليه السلام اختلاف نظر دارند. كلبى گفته است كه بيست و دو سال بوده است. سلمان فارسى و عبداللّه شدّاد، چهل سال و حسن بصرى هشتاد سال نقل كرده اند. محمد بن اسحاق نيز اين مدت را هجده سال نقل كرده و عمر يوسف عليه السلام را صد و بيست سال دانسته است كه از زليخا صاحب سه فرزند شد، دو پسر به نام هاى افراهيم و ميشا و دخترى به نام رحمة كه بعدها زن ايوب پيغمبر شد. وهب بن منبه گفته است: يعقوب عليه السلامو خانواده اش، هنگامى كه به مصر آمدند هفتاد و دو نفر بودند و وقتى كه با موسى از مصر بيرون رفتند ششصدهزار و پانصد و هفتاد و چند مرد جنگجو داشتند، جداى از زنان و كودكان و پيران و بازماندگان و... كه اينان نيز خود هزارهزار و دويست هزار بودند.