شهراً وقتل في حربه مائة وخمسون ألفاً، وأفضت الخلافة إلى ولده يزيد فقتل الحسين عليه السلام بتلك الشناعة وحاصر عبداللّه بن الزبير في مكّة فلجأ إلى الكعبة فنصب بمكة المناجيق وهدهم الكعبة ونهب المدينة وأباحها لعسكره ثلاثة أيّام.
وقد روي البخاري ومسلم في صحيحهما عن النبي صلى الله عليه و آله أنّه قال: «المدينة حرم مابين عابر إلى وعير، من أحدث فيه حدثاً فعليه لعنة اللّه » فما ظنك بمن يقتل أولاده ويرفع رؤوسهم على الرماح ويطوف بها في البلاد جهراً، وأفضى الأمر إلى أنهم أمروا بسب علي على المنابر ألف شهر وطلب العلويين فقتلوهم وشردوهم، وأفضى الأمر إلى الوليد بن عبدالملك الذي تفأل يوماً بالمصحف فظهر له قوله تعالى: «وَاسْتَفْتَحُوا وَ خابَ كُلُّ جَبّارٍ عَنِيدٍ» فنصب المصحف يوماً فرماه بالنشاب وأنشد شعراً:


تهددني بجبار عنيدفها أنا ذاك جبار عنيد
إذا ما جئت ربك يوم حشرفقل يا ربّ مزقني الوليد
فإذا نظر العاقل إلى هذه المفاسد كلها لرأى أن أصلها منع رسول اللّه صلى الله عليه و آله عن كتابة الكتاب وجعل الخلافة باختيار النّاس من غير نص ممن له النص فكل السبب من عمر بن الخطاب. ولا يظن أحد إنّي أقول هذا بغضاً لعمر لا واللّه وإنّما هو مسطور في كتبهم والحال كذلك فما يسعني أن أنكر شيئاً ممّا وقع ومضى.
قال يوحنا: فلمّا رأيت هذه الاختلافات من كبار الصحابة الذين يذكرون مع رسول اللّه صلى الله عليه و آله فوق المنابر عظم عليّ الأمر وغم علي الحال وكدت افتتن في ديني، فقصدت بغداد وهي قبة الإسلام لأفارض فيما رأيت من اختلاف علماء المسلمين لأنظر الحق واتبعه، فلما اجتمعت بعلماء المذاهب الأربعة قلت لهم: انّي رجل ذمي وقد هداني اللّه إلى الإسلام فأسلمت وقد أتيت إليكم لأنقل عنكم معالم الدين وشرائع الإسلام والحديث لأزداد بصيرة في ديني. فقال كبيرهم وكان حنفياً: يا يوحنا مذاهب الإسلام أربعة فاختر واحداً منها ثمّ اشرع في قراءة ما تريد. فقلت له: إنّي رأيت تخالف

بعدهم في الاستخلاف.
ومن الخلاف انّه لما مات النبي صلى الله عليه و آله وفي يد فاطمة عليهاالسلام فدك متصرفة فيه من عند أبيها فوقع أبوبكر يدها عنه وعزل وكلاءها فأتت إلى أبيبكر وطلبت ميراثها من أبيها فمنعها واحتج بأن النبي صلى الله عليه و آله قال: ما تركناه يكون صدقة، واحتجت فاطمة فلم يجبها فولت غضبانة عليه وهجرته فلم تكلمه حتّى ماتت، وفي أثناه المحاجة أذعن أبوبكر لقولها فكتب لها بفدك كتاباً فلما رآه عمر مزق الكتاب وكان هذا هو السبب الأعظم في الاعتراض على الصحابة والتشنيع عليهم بإيذاء فاطمة عليهاالسلام مع روايتهم إنّ من آذاها فقد آذى رسول اللّه صلى الله عليه و آله، وفي الحقيقة ما كان لائقاً من الصحابة أن يعطى رسول اللّه صلى الله عليه و آله ابنته مما أفاء اللّه عليه فينزعه أبوبكر وعمر منها مع علمهم انّها كانت تطحن الشعير بيدها، وانّما كانت تريد بالذي ادعته من فدك صرفه للحسن والحسين عليهماالسلام فيحرمونها ذلك ويتركونها محتاجة كئيبة حزينة، وعثمان بن عفّان يعطي مروان بن الحكم طريد رسول اللّه صلى الله عليه و آله مائتي مثقال من الذهب من بيت مال المسلمين ولا ينكرون عليه ولا على أبيبكر، ولو أن عمر لم يمزق الكتاب أو أنّه ساعد فاطمة في دعواها لكان لهم أحمد عاقبة ولم تبلغ الشنيعة ما بلغت.
قال يوحنا: ومن الخلاف الذي وقع وكان سببه عمر الشورى، فإنه جعلها في ستّة وقال: إذا افترقوا فريقين فالذي فيهم عبدالرحمن بن عوف فهم على الحق، وعبدالرحمن لا يترك جانب عثمان كما هو معلوم حتى قال علي عليه السلامللعباس: يا عمّ عدل بها عني فياليته تركها هملاً كما يزعم أن رسول اللّه صلى الله عليه و آله تركها أو كان ينص بها كما نص أبوبكر فخالف الأمرين حتى أفضت الخلافة إلى عثمان فطرد من آواه رسول اللّه صلى الله عليه و آله وآوى من طرده رسول اللّه صلى الله عليه و آله وأحدث اُموراً قتل بها وفتح بها باب القتال إلى يوم القيامة، وأفضت الخلافة إلى معاوية الذي ألب عائشة وطلحة والزبير على حرب علي عليه السلام حتّى قتل يوم الجمل ستون ألفاً ثمّ حارب عليّاً عليه السلام ثمانية عشر