مجلّدات علاوه بر فهارس معمول، «فهرست واژه هاى مشكول» را هم جداگانه داديم تا دستيابى بر آنها آسان باشد.
علاوه بر اعراب نسخه ها، براى كمك به درست خوانى متن، گذشته از سجاوندى دقيق و مضبوط، بسيارى از كلمه ها را خود با مراجعه به كتب لغت اعرابگذارى كرديم. در اين كار و به ويژه در مورد نامهاى خاصّ كوشش بيشترى معمول داشتيم و با استمداد از منابع و مآخذ متعدد و مطمئن، مانند المعارف ابن قتيبه، جمهرة انساب العرب اندلسى، سيرت رسول اللّه ابرقوهى، تاريخ پيامبر اسلام آيتى و... اعراب اسامى را تقريبا در همه موارد، حتّى در خود فهرستها، به دست داديم كه اميدواريم جويندگان را مفيد افتد.
با همه كوششى كه براى دفع مشكلات متن بر اساس نسخه ها به كار برديم، نتوانستيم بر همه موارد ابهام فائق آييم، موردهايى هست كه به رغم مقايسه دقيق نسخه بدلها و جست و جوهاى گسترده و زمانگير در تفسيرها و متون اسلامى، باز هم روشن نشد. در موارد مشكوك با قيد «كذا» بر دقتهاى موردى نسخه ها تأكيد كرده ايم، و آن جا كه ابهام از نظر ما مسلّم بوده و همه جست و جوهاى ما هم براى كشف آن ناكام مانده است، مورد را با علامت پرسش (؟) مشخّص كرده ايم تا توجّه پژوهندگان و ناقدان را به خود جلب كند.
ترجمه آيات در متن نسخه هاى خطّى، لفظ به لفظ بين السّطور آمده است، كه به لحاظ مشكل حروفچينى و برخى ملاحظات ديگر، ترجمه هر آيه، بلافاصله پس از متن عربى، البتّه با حروف نازك رو به روى آن آمده است.
شماره گذارى آيات بر مبناى قرائت حفص و همان است كه مثلاً در المعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم فؤاد عبدالباقى واكثر قرآنهاى منطبق بر روايت مورد قبول شيعه آمده است. بنابر اين اگر گاهى شماره آيه اى كه درمقدّمه هر سوره توسّط مؤلف داده شده با شماره آيات اين چاپ منطبق نيست، دليلش بى گمان ناشى از