ب) خطى
1. رسالة فى ذكر الحجرالاعظم، كه ظاهرا در كيمياست. نسخه اى از آن در دانشگاه تهران موجود است (مركزى، خطى، 4/982ـ983).
2. رسالة فى الكيمياء. نسخه اى از آن در كتابخانه خصوصى اصغر مهدوى معرفى شده است (همان، 2/153).
3. رسالة فى مائية العدل. عنوان كامل آن در تنها نسخه موجود كه در كتابخانه آستان قدس نگهدارى مى شود (نك : آستان، 13/173)، چنين است: رسالة الشيخ ابى على احمد بن يعقوب مسكويه الى على بن محمد ابى حيان الصوفى فى مائية العدل.
4. كتاب الاشربة، در داروشناسى. گزيده اى از آن در كتابخانه صائب آنكارا موجود است (نك : ششن، 358؛III/336 GAS,).
5. كتاب فى تركيب الباجات من الاطعمة(كتاب الطبيخ). نسخه اى از اين اثر در كتابخانه احمد ثالث استانبول در دست است (ششن،GAS، همانجاها).
6. الكنز الكبير، در كيميا. نسخه اى از آن در كتابخانه بشيرآغا(GAS,IV/291) موجود است.
7. نديم الفريد (انس الفريد). قندوزى حنفى (ص 484ـ485) احتجاج مأمون را در جريان وليعهدى امام رضا عليه السلام از اين اثر مسكويه نقل كرده است.
امينى نيز بخشى از آن را آورده است (1/212). همچنين دركتاب مختصر فى الامثال والاشعار كه در كتابخانه فاتح (شم 5297) نگهداى مى شود، اين احتجاج مورد استفاده قرار گرفته است (نك : مركزى، ميكروفيلمها، 1/403ـ404).
ج) آثار يافت نشده
1. رساله اى به بديع الزمان همدانى، به نظم و نثر كه در پاسخ رساله اعتذار بديع الزمان است (نك : ياقوت، ادبا، 5/11ـ17).