محمد زكريا در فلسفه نيز صاحب راى و نظر بود، و در بسيارى از مسائل فلسفى سر از ربقه تقليد قدما بيرون كشيد.
پل كراوس (Paul Kraus) مستشرق معروف ـ كه عنايتى خاص به تاريخ فلسفه اسلامى در قرون نخستين از هجرت داردـ در باب رازى چنين مى گويد:
ابوبكر محمد بن زكرياى رازى نه تنها يكى از مشاهير اطباى اسلامى است، بلكه به واسطه عدّه زيادى كتاب كه به قلم او در فلسفه نگاشته شده، و آراى خاصى كه در اين رشته از او به يادگار مانده، در شمار بزرگان فلاسفه اسلام نيز معدود است ^۱ .
راز شهرت نيافتن رازى را در فلسفه در نكات ذيل توان يافت:
1. عقايد فلسفى رازى با افكار عامه مسلمانان از معتزلى و اشعرى و شيعى سازگار نبود، بدين سبب از هر سو به مخالفتش برخاستند.
ديگر از اين نوع مخالفان وى ابوالقاسم عبداللّه بن احمد بن محمود بلخى رئيس معتزله بغداد، و ابوالحسن شهيد بن حسين بلخى فيلسوف و متكلم و شاعر معروف را توان ذكر كرد ^۲ .
2. چنان كه در سابق اشارت رفت، رازى در بسيارى از مسائل خود صاحب نظر بود، و مخالفان چون سخنش را نمى فهميدند، و يا نمى خواستند بفهمند به جهلش منسوب مى كردند، چنان كه شهر زورى صاحب نزهه الارواح و روضة الافراخ گفته:
رازى هر چند در علم طب ماهر و در صنعت طبابت حاذق بوده، وليكن از علم فلسفه بهره اى نداشته. قاضى صاعد اندلسى مى گويد: به واسطه بى بضاعتى رازى در علوم حكميّه و عدم تبحّر او در فلسفه مقصود و مرام حكما را نفهميده، از اين جهت آراى او در علوم عقليّه مضطرب است و

زانوى تلمذ به زمين مى نهادند، شاگردان اين دسته پس از آنها، و شاگردان دسته دوم نيز پس از آن دسته دايره وار قرار مى گرفتند ^۱ . رازى كريم النفس و بلند نظر و پر فضيلت و نيكوكار بود، و با بيماران و فقيران حسن سلوك داشت و با آنان به مهربانى رفتار مى كرد، و با همه يكسان بود ^۲ .
داستانى كه در چهار مقاله در باب معالجه امير منصور بن نوح بن نصر به دست محمد بن زكرياى رازى درج آمده ^۳ ، به هيچ روى رويى در صواب ندارد، و به كلى مجعول است ؛ زيرا منصور بن نوح در سال 350 به سلطنت نشست ^۴ ؛ و حال آنكه محمد زكريا سالها قبل يعنى در سنه 311 ^۵ يا 320 ^۶ در گذشت. محل وفات و مدفن رازى در معجم البلدان ياقوت، و دائرة المعارف اسلامى و در معجم المؤلفين بغداد مذكور آمده ^۷ و نگارنده با همه ولعى كه در يافتن محل گور وى در پهنه رى داشت كوچك ترين نشانه اى از آن به دست نياورد، و شرحى در اين باب بيايد. بنا بر روايت ابن نديم و ابن العبرى رازى را سرى بزرگ بود ^۸ .