1.پس از آن ، در زمان صفويه تا عصر كنونى تغييرات و اضافات زيادى در آن بنيان رفيع القدر رخ داده است . دكتر ابوالقاسم مشيرى در مجله معارف اسلامى ( ش ۲۶ ، سال ۱۳۵۵ ش ) ص ۸۹ ـ ۹۱ آثار تاريخى آن آستانه را چنين برشمرده است : ۱ ـ رواق ايوان مرقد مطهر حضرت عبدالعظيم الحسنى عليه السلام به امر شاه طهماسب صفوى در سال ۹۴۴ هجرى ساخته شد . ۲ ـ صندوق حرم مطهر كه از چوب عود و فوفل ساخته شده و در اطراف آن كتيبه هايى به خط نسخ و ثلث ، به طور برجسته نقش گشته ، متعلق به سال ۷۲۵ هجرى است . اين صندوق يكى از نفيس ترين آثار تاريخى و هنرى ايران است . بانى اين صندوق خواجه نجم الدين محمد ، از وزيران ايلخانان مغول و هم عهد سلطان ابو سعيد بوده و به احتمال زياد بقعه حضرت نيز به دستور وى ساخته شده است . در سال ۱۳۲۹ شمسى اين صندوق بوسيله هنرمند معروف استاد صنيع خاتم تعمير و از پوسيدگى آن جلوگيرى شد . ۳ ـ ضريح نقره آرامگاه ، يادگار فتحعليشاه قاجار و آئينه كارى و نقاشى ايوان را آقا خان نورى انجام داده است . ۴ ـ كتيبه هاى كوفى آهنين : اين كتيبه ها متعلق به يك در آهنين است كه احتمالاً در قرون پنجم و ششم در عهد سلجوقيان نوشته شده و در زمان صفويه آنها را روى در آهنين كنونى كوبيده اند اين كتيبه ها در خزانه آستانه نگهدارى مى شود . ۵ ـ در مسجد هلاكو : پيش از اين در محل مقبره ناصرالدين شاه مسجدى بود كه به نام مسجد هلاكو خوانده مى شد . اين مسجد درى داشت كه بعداً در گوشه جنوب شرقى مسجد بالا سر نصب شد . اين در كه منبت كارى هنرمندانه اى دارد در شمال ايوان حضرت امامزاده حمزه عليه السلام نصب شده است و تاريخ روى آن ۸۴۸ متعلق به دوره سلطنت شاهرخ ميرزا پسر امير تيمور است . ۶ ـ قرآنهاى خطى : در خزانه آستانه قرآن هاى خطى بسيار نفيسى وجود دارد كه يكى از آنها به شماره ۸۲ در موزه ايران باستان نگهدارى مى شود . تاريخ تحرير اين قرآن سال يازدهم سلطنت شاه طهماسب صفوى است . ۷ ـ روپوش زرى : اين روپوش كه براى پوشش ضريح مرقد مطهر تهيه شده از زريهاى كهن عصر صفوى است كه در صندوقى نگهدارى مى شود . ۸ ـ فرامين : در خزانه آستانه ، فرامين سلطنتى متعددى موجود است كه قديمى ترين آنها فرمان شاه طهماسب صفوى به سال ۹۶۱ هجرى است . اين فرمان مربوط به رقبات موقوفه و توليت آستانه است . وضع فعلى آستانه از اواسط سال ۱۳۴۷ شمسى كه امور آستانه حضرت شاهزاده عبدالعظيم الحسنى عليه السلام به سازمان اوقاف محول گرديد ، تشكيلات ادارى و مالى آستانه بر اساس اصول نوين علمى و ادارى استوار شد و درآمد آن به حساب شماره ۱۸۴۰ بانك ملى ايران شعبه شهر رى واريز گرديد . نوسازيهايى كه در اين مدت در صحن و حرم مطهر انجام شده است به خلاصه زير به نظر خوانندگان گرامى مى رسد : ۱ ـ در محل مخروبه اى كه در كنار حرم حضرت امامزاده حمزه عليه السلام قرار داشت مسجد مجللى طبق اصول معمارى باستانى ساخته شد . ۲ ـ صحن مطهر حضرت عبدالعظيم الحسنى عليه السلام و صحن ناصرى و مساجد و ايوان آئينه با كمك صاحبان كارگاههاى سنگ برى و اعتبارات آستانه با سنگ هاى سنندجى و تيشه اى مفروش شد . ۳ ـ ترميم و تجديد آئينه كارى رواق و بين الحرمين با كمك افراد خيّر و نيكوكار . ۴ ـ در ضلع غربى صحن مطهر سقاخانه بزرگى ساخته شد كه به شش دستگاه آب سردكن مدرن مجهز است . ۵ ـ در باغچه عليجان آبريزگاه بهداشتى و مجهز براى زائران ايجاد گرديد . ۶ ـ مسجد مردانه واقع در ضلع غربى حرم مطهر كه مخروبه بود به صورت اصلى و باستانى آن تجديد ساختمان شد . ۷ ـ به جاى در حرم حضرت امامزاده حمزه عليه السلام كه فرسوده و محقر بود در مجلل و باشكوهى به سبك عهد صفوى ساخته و نصب شد كه با روكش طلا و نقره منقوش است . ۸ ـ مسجد زنانه حضرت شاهزاده عبدالعظيم عليه السلام و مسجد زنانه امامزاده حمزه عليه السلام كه بر اثر مرور زمان خراب شده بود طبق اصول معمارى تجديد بنا شد . ۹ ـ در حد فاصل ميان حرم امامزاده حمزه عليه السلام و مقبره ناصرى كه مربوط به دوران سلطنت شاهرخ ( ۸۰۷ تا ۸۵۰ هجرى ) است تعميرات اساسى انجام و براى محافظت در قاب شيشه اى مخصوصى قرار داده شد . ۱۰ ـ در انتهاى راهرو بين الحرمين ، در چوبى فرسوده اى قرار داشت كه در شرف انهدام و بسيار نازيبا بود و با سنگ هاى مرمر كف و بدنه راهرو هماهنگ نبود ، لذا اين در برداشته شد و به جاى آن ديوار مستحكمى بنا گرديد كه روى آن تا سقف آينه كارى شده و منظره بديعى از دور بوجود آورده است . ۱۱ ـ ارسى و پنجره هاى مسجد جامع ، مشرف به صحن بزرگ ، در آن قسمت كه در داخل مدرسه برهانيه عتيق قرار دارد تعمير و اصلاح شد . ۱۲ ـ آسفالت كف صحن ناصرى كه ناهموار بود و با صحن بزرگ حضرت عبدالعظيم عليه السلام هماهنگى نداشت كنده و با سنگهاى تيشه اى يك دست مفروش شد . ۱۳ ـ ساقه و گردن گنبد بقعه حضرت عبدالعظيم عليه السلام بر اثر عوامل جوّى و مرور زمان در حال ريزش بود كه زير نظر مهندسان باستانشناسى ، اصلاحات اساسى و تعميرات كلى انجام شد و كليه قسمتهاى ريخته و تباه شده با كاشى جسمى خراسان ( خشت اين كاشى را به جاى خاك رس از سنگ آسيا شده مى سازند ) با رعايت امانت و اصالت بنا مرمت گرديد . در اين تعميرات در كتيبه و آنچكان ورقه هاى مطلاى گنبد و شالى مناره ها نيز اصلاحات اساسى صورت گرفت . ۱۴ ـ پشت بامهاى حرمين مطهّر كه كاهگلى بود پس از زيرسازى و قيراندود با آجر مفروش گرديد . ۱۵ ـ بقعه امامزاده سيد طاهر كه چهار طاق و مقصوره اصلى آن در دوران صفويه بنا شده و داراى كاربندى هاى بسيار زيباى يزدى و مقرنس بود ، بر اثر روشن كردن شمع و بى توجهى اشكال زيباى خود را بكلى از دست داده بود . اين بقعه به همت آقاى محتشمى بر اساس برنامه هاى سازمان ملى حفاظت آثار باستانى مرمت و بازپيرائى شد . ۱۶ ـ مسجد جامع كه بناى آن به دوران صفويه مى رسد و در قسمت شمالى صحن مطهر حضرت عبدالعظيم عليه السلام قرار دارد بر اثر گذشت زمان فرسوده و مخروبه شده بود بطورى كه در طول سالهاى متمادى هزاران تن خاك به صورت كاهگل روى پشت بام اين مسجد انباشته شده بود و همين توده خاك ، خطر بزرگى متوجه بناى مسجد مى كرد به طورى كه هنگام آغاز تعميرات حدود ششصد كاميون خاك از روى پشت بام آن به بيرون منتقل گرديد . در اين تعميرات از كف تا سقف مسجد جامع با مصالحى مانند ماسه و سيمان و آجر و گچ تعمير و تنها در سقف آن متجاوز از ۱۳ تن تيرآهن بكار رفته است . درهاى مسجد كه بر اثر نفوذ موريانه پوسيده شده بود بوسيله هنرمندان و استادان ماهر تعمير و احيا گشت . در حال حاضر مسجد مورد بهره بردارى قرار گرفته و همه روزه هزاران تن از زائران در شبستان مجلل مسجد به انجام فريضه نماز مشغولند . ۱۷ ـ در طلاى مدخل حرم مطهر با هزينه شخصى آقاى حاج عباس مس فروش بدست هنرمندان اصفهانى تهيه و نصب گرديده است . اين در ، با الهام از نقوشى كه در تعميرات اخير روى يك تكه از در اصلى آستانه مباركه بدست آمده ساخته شده است . ۱۸ ـ در مدرسه برهانيه عتيق كه اختصاص به طلاب علوم دينى دارد تعميرات اساسى صورت گرفت و ضمن احياء و تعمير حجره ها و راهروها و كف مدرسه ، توالت بهداشتى ، حمام دوش و رختشويخانه براى استفاده طلاب ساخته شد كه هم اكنون مورد استفاده آنان است . ۱۹ ـ زيارتنامه هاى مسجد مردانه امامزاده حمزه عليه السلام با كاشى معرق تهيه و به صورت زيبائى روى ديوار نصب شده است . ۲۰ ـ حياط مدرسه امين السلطان معروف به باغ طوطى تسطيح و كف سازى شد . ۲۱ ـ نظر به اينكه ساختمان دفتر آستانه قديمى و فرسوده شده بود اقدام به تعمير و تجديد بنا گرديد و سالن تازه اى در آن بنا ايجاد گرديد كه داراى سبك و خصوصيات جالب و زيباى معمارى است .