مهاجر ، در تبيين اين اختلاف ها مى نويسد:
وى (محقّق كركى) ، قبل از وفات شاه اسماعيل در حدود سال 929 ق ، ايران را به سوى عراق ترك كرد و علّت اين امر مشخصّ نشده ، ولى مى توان حدس زد كه ترس شاه اسماعيل از ادامه نفوذ مردان كارآمد و گسترش تفكّر عقلانى بوده است؛ چرا كه وى افكارش در باب «ولايت فقيه» ، همانند افكار شهيد اوّل بوده است. ^۱
محقّق كركى ، پس از مهاجرت از ايران ، حدود شش سال در عراق ماند و بعد از وفات شاه اسماعيل صفوى و روى كار آمدن شاه طهماسب (930 ق) ، مجدّدا به ايران برگشت. ^۲

مرحله دومِ مهاجرت علماى جبل عامل به ايران

كاميابى هاى محقّق كركى در حكومت صفويه و انگيزه هاى شاه طهماسب ، مرحله بعدى هجرت عامليان را هموار ساخت. پس از محقّق كركى ، استوانه هاى علمى شيعه ، از جمله: كمال الدين درويش ، شيخ على بن هلال كركى ، شيخ حسين بن عبدالصمد شيعى حارث و پسرش شيخ بهاءالدين محمّد عاملى ، به ايران مهاجرت كردند كه اينان را بايد شناخته شده ترين چهره هاى مهاجر جبل عامليان به ايران ، پس از مهاجرت محقّق كركى قلمداد كرد و به دنبال آن ، به شكل بى سابقه اى در تاريخ تشيّع ، موج مهاجرت فقيهان جبل عاملى به سوى ايران ، آغاز شد. ^۳

فشارهاى عثمانى ها ، عامل مهاجرت علماى جبل عامل

برخى از محقّقان و مستشرقان ، مهاجرت عامليان به ايران را ناشى از فشارهايى مى دانند كه امپراتورى عثمانى بر مناطق شيعه نشين جبل عامل و عراق داشته است.

مهاجرت محقّق كركى ، سرآغاز نخستين مرحله مهاجرت

نخستين مرحله مهاجرت علماى جبل عامل به ايران در سال 916 ق ، ^۱ با آمدن يكى از پُرآوازه ترين ، كامياب ترين و با نفوذترين آنها ، يعنى شيخ على بن عبدالعال كَرْكى (870 ـ 940 ق) ، مشهور به محقّق ثانى آغاز شد. ^۲
عقيده اى بر خلاف اين نظر وجود دارد و آن اين كه شيخ على بن عبدالعال كركى ، از علماى زمان طهاسب صفوى ، شيخ على كركى (محقّق كركى) را از جبل عامل به ديار عجم آورده است. ^۳ آنچه مسلّم است اين كه محقّق كركى ، در زمان شاه اسماعيل صفوى به ايران آمده است. علاّمه مجلسى در اين باره مى نويسد:
سلطانِ سلاطين و مروّج دين مبين ، شاه اسماعيل ـ حشره اللّه مع آبائه الطاهرين و صلوات اللّه عليهم أجمعين ـ خاتم المجتهدين شيخ على بن عبدالعال را از جبل عامل ، طلبيده و او را اِعزاز و اِكرامِ بسيار نمود و پيوسته در مسائل دين و دنيا به او رجوع مى فرمودند و بعد از آن جناب ، پيوسته اين طريقه در سلسله سلطنت ايشان ، مسلوك بوده و مى باشد. ^۴
على رغم اين دعوت ، با توجّه به اشتغال دائمى شاه اسماعيل صفوى به جنگ ، برگزارى مجالس جشن ، سرور ، باده گسارى و... ، هيچ قرينه اى مبنى بر توجّه خاصّ شاه اسماعيل به محقّق كركى وجود ندارد. ^۵
گويا اينها و مسائلى از اين قبيل ، باعث بروز اختلافاتى بين شاه اسماعيل صفوى و محقّق كركى شده و محقّق كركى را براى ترك ايران ، تحريك كرده است. سيّد جعفر