احتمالى كه به نظر خردمندان واجب است (تا چه رسد به زيان حتمى) [ دست به اين مهاجرت زدم] و چه زيانى آفت بارتر از جلوگيرى علم از اهل علم و سستى ما در اين روزگار از آنچه كه برايش آفريده شده ايم؟ چگونه به سكونت در وطن خود ، خشنود شوم كه جز زاهدان و نادانان ، كسى در آن ديار يافت نمى شود و چگونه در آن جا لباس وقار بپوشم كه در اذيت و آزارم؟ ^۱
حامد الگار ، از پژوهشگرانى است كه علل اساسى اين مهاجرت را مرهون دو عامل مى داند:
1. پيروزى صفويان در ايران و چشم اندازهايى كه پديد آورد؛
2. غلبه تركان عثمانى بر سوريّه در سال 923 ق / 1517 م ، و دگرگونى هايى كه اين پيروزى در اوضاع آن سامان به دنبال آورد ، موجب شد كه عالمان شيعى از آن سرزمين ها به ايران كوچ كنند. ^۲
از بين دو ديدگاهى كه بيان شد ، مى توان به يك جمع بندى رسيد و آن اين كه به دنبال دعوت حكومت صفوى از علماى جبل عامل و ورود محقّق كركى به سال 916 ق ، مرحله دوم مهاجرت ، همراه با فشار از جانب حكومت عثمانى بوده است و اين ، همان چيزى است كه از گفته هاى حسين بن عبدالصمد ، برداشت مى شود.

عـراق

با ظهور حكومت صفويه (907 ق) در ايران و توجّه ايرانيان به عتبات مقدّس ـ كه منجر به بازگشايى مدارس شيعى در عراق شد ـ ^۳ مركزيت علمى به تدريج از حلّه به نجف منتقل شد.

آندرو نيومن ، با نگارش مقاله اى با عنوان «افسانه مهاجرت علما به ايران عصر صفوى» ، اهمّيت اين مهاجرت را مورد نقد قرار داده ، مى نويسد:
بر مناطق شيعى خارج از قلمرو صفويه ، فشارى از جانب حكومت عثمانى نبوده است تا بتواند انگيزه اى براى مهاجرت گردد. ^۱ ريو لاجوردى ابيساب نيز در مقاله اى با عنوان «علماى جبل عامل در ايران صفوى» ، نقش حاشيه اى ، مهاجرت و تغيير اجتماعى گفته هاى نيومن را مورد نقد قرار داده ، مى نويسد:
فشار عثمانى بر مراكز شيعى خارج از قلمرو صفويه و عدم امكان فقهاى عاملى در احراز مناصب تدريس و افتا و آزادى تدريس و خطرات جانى در نواحى جبل عامل، از عوامل محرك براى مهاجرت به ايران مى باشد ^۲ وى در مورد وجود فشار يا آزار و اذيّت فقهاى شيعى در مناطق خارج از سيطره صفويان ، به شهيد اوّل و شهيد ثانى اشاره مى كند. ^۳ از دلايل ديگرى كه احتمال وجود فشار از جانب عثمانى ها را افزون مى كند ، گزارش منقول از حسين بن عبدالصمد جبعى حارثى است. ايشان ، مهاجرت خود از جبل عامل به ايران را همانند مهاجرت پيامبر صلى الله عليه و آله از مكّه به مدينه مى داند و به شرايط دشوار غير قابل تحمّل در زادگاه خود ، اشاره كرده ، مى نويسد: بنابر اين ، هجرت از سرزمينى كه در آن ستم روا دارند و نتوان شعار ايمان قوى را كه مورد قبول باشد ، اظهار كرد ، و چون دورى از زيان