العلوم الأدبية و غيرها عند أخيه و عند جماعة من أفاضل المدرسين في تلك المدرسة ، و من أساتذته بها السيد أبوطالب القائني .
و اتفق في تلك الأيام أن جاء إلى قائن المرحوم خانلرخان اعتصام الملك لتعديل الضرائب الحكومية ، و زار في بعض الأيام المدرسة الجعفرية و سأل من طلابها بعض المسائل العلمية فعجزوا عن الإجابة عليها ، فتصدّى شيخنا المترجم له للجواب و أجاب بأجوبة مقنعة لفتت إليه نظر الخان ، فشجّعه على الدراسة في مشهد الرضا عليه السلام و ساعده على ذلك .
فذهب إلى المشهد في الرابع عشر من عمره و سكن في مدرسة ميرزا جعفر بمدرس شيخ الرئيس أبوالحسن الميرزا قاجار . فقرأ بعض الكتب الفقهية و الاُصولية كالمعالم و القوانين و شرح اللمعة على جماعة من الأفاضل و منهم ميرزا هداية اللّه المدرس الأبهري ، و قرأ كتب الشيخ الأنصاري كالفرائد و المكاسب و غيرهما على تلامذة الشيخ أمثال محمد تقي البجنوردي و الشيخ علي اليزدي و السيد مرتضى اليزدي و الحاج السيد عبد الصمد التستري الدارس عند الأنصاري من المطوّل إلى آخر أيام حياته .
كما تلمّذ العلوم العقلية و الفلسفة بالمشهد على الميرزا علي رضا المدرس السبزواري ، كما أنه في بداية انتقاله إليه تعلّم التجويد و القراءة عند المولى على المزيناني .
و يقال : إن الميرزا هداية اللّه الأبهري مدرس خراسان المعروف كان يقول : إنّي أشتغل بالتدريس لأجل هذا التلميذ المفضّل و قد رأيت الشيخ بهاء الدين العاملي في الرؤيا يوصيني به و يبشّرني أنه سيحرز مقامات علمية عالية .
ثمّ هاجر إلى النجف الأشرف في سنة 1296 ق أو بعدها بقليل ، فحضر الدراسات العليا في الاُصول (الدرس الخارج) على الميرزا حبيب اللّه