طاعون عراق را فراگرفت كه تا 2 سال ادامه يافت. بدين سبب، وى همانند ديگر علما و فضلا از تحصيل و تأليف بازماند، و تا پايان اين بيمارى عمر خويش را به سفر گذرانيد.
با خاتمه يافتن طاعون، بار ديگر وى به نجف آمد و به تكميل معلومات خويش و بهره ورى از استادان فن پرداخت. امّا در ميان استادانش، دلبستگى عجيبى به صاحب جواهر پيدا كرد. از اين رو، ايشان هماره ملازمت استاد را ـ چه در مجلس درس و چه در غير آن ـ اختيار كرد و آنى از وى جدا نشد.
در درس صاحب جواهر، نبوغ، استعداد بسيار و تبحرش در فقه، اصول و دانشهاى ديگر نمايان شد، بتدريج، وى در حوزه علمى نجف به استوارى انديشه، نفوذ فكر، عمق تحقيق، گستردگى اطلاعات، تسلط بر آرا و نظرات گوناگون، روشنى ذهن و ژرفنگرى شهره شد. حاجى در ميان شاگردان استاد و مردان علم و دانش به چنان مرتبه اى دست يافت كه صاحب جواهر بر فراز منبر تدريس و در ميان صدها شاگرد پژوهشگر، فقط به اجتهاد وى و 3 شاگرد كوشا و فاضل خود: شيخ عبدالحسين شيخ العراقين تهرانى(د.1286 ه.ق)، شيخ عبدالرحيم نهاوندى (د.1304ق)، شيخ عبداللّه نعمت عاملى(د.1302 ه.ق) تصريح نمود. ۱
ورود به تهران
آيت اللّه كنى پس از تكميل مراتب علمى و گرفتن اجازه اجتهاد از استاد والاقدرش، در سال 1262ه.ق به عزم زيارت مرقد پاك حضرت على بن موسى الرضا عليه السلام و به قصد ديدار اقوام و خويشان، به ايران آمد و در تهران ساكن شد.
با ورود حاجى به تهران، دلهاى مردم، از خاص و عام، بدو متوجه شد. مردم از اينكه يكى از برترين شاگردان صاحب جواهر را در ميان خويش مى ديدند، شادمان
