محمديه، تعليقات لمعات الهيه.
2 ـ جواب به پرسشهاى يكى از شاگردان خود به نام بديع الملك، چون سؤال كننده بر فلسفه غرب آشنايى داشته لذا در سؤالات خود اشكالاتى كه بر اساس فلسفه غرب بر مسايل فلسفه اسلامى وارد است، طرح نموده است. لذا جوابهاى آقاعلى حكيم در واقع يك نوع رويايى فلسفه اسلامى و غرب است و در حقيقت گشوده شدن باب فلسفه تطبيقى است.
3 ـ مناظره آقاعلى با حاج محمدكريمخان كرمانى، چون كرمانى از اقطاب فرقه شيخيه و معتقد به افكار شيخ احمد احسايى است مناظره مدرس با وى، رويارويى حكمت متعاليه و انديشه هاى شيخيه به شمار مى رود. گرچه قبل از وى ملاعلى نورى در اصفهان با شيخ احمد احسايى مناظره نموده بود ولى آن مناظره تقرير و تحرير نگرديده و گزارش علمى آن در دست نيست.
4 ـ آقاعلى حكيم چون هم حوزه اصفهان را درك نموده و هم حوزه فلسفى تهران را ، لذا وى پلى است ميان حوزه فلسفى اصفهان و تهران در سده سيزدهم، گرچه پس از مدرس حوزه فلسفى اصفهان نمود چندانى نداشته است.

شاعرى

آقاعلى حكيم با اينكه فيلسوف است ولى در كتابهاى شرح حال اشعارى را از وى نقل نموده اند. كه اين چند رباعى را نايب الصدر در طرايق الحقايق از وى درج نموده است:
1

خواهى اگر به طور دل حق بينى
در نار مقيد آب مطلق بينى
ز آينه دل غبار باطل بزداى
تا ذات على به چشم حق بينى
2
خورشيد وجود تاز رخ پرده گشود
بنمود جمال خويش آن گونه كه بود
در آيت احمد آنچه او داشت گذاشت
مرآت على چنان كه او بود نمود
3

خورشيد از دل ز رخ چو برداشت نقاب
برداشت نقاب و گشت ظاهر به حجاب
ظاهر به حجاب اگر نشد پس ز چه روى
گرديد ابوتراب ظاهر به تراب
4

يك جلوه نمود حق و يك جذبه نمود
از جلوه وجود داد و از جذبه ربود
آن جلوه محمد است و آن جذبه على
زين رو به وجود اين دو شد بود و نبود^۱
ديوان بيگى نيز در حديقه الشعراء اين ابيات را از وى ثبت نموده:
5

آينه حق نماست جلوه رخسار يار
عقده مشكل گشاست حلقه گيسوى دوست
سلسله ها، حلقه ها، كاش به حلقم زنند
سلسله گر زلف يار، حلقه اگر موى دوست
6

دل آيتى است از حق و دلبر حكايتى
آغاز اين حكايت و آيت براى اوست
ظلمت نديده ام كه گرفتى به نور جاى
جز خال او كه گونه خورشيد جاى اوست
7

نه آن چنان به خيال اندرى كه در همه عمر
فراغتى ز تو بينم كه خويشتن نگرم
بيا و صفاى مرآت بين كه من رخ دوست
در او بينم و مرآت نيست در نظرم^۲
8

خاك على چون عنقا و آدم اوج او
در حضيض فعل حق بس اوجهاست
فعل حق دريا و عالم موج او
موجها دريا و دريا موجهاست^۳
9

نرگس مست تو تا باده پرستى كُندا
هرچه هستى، همه چون چشم تو مستى كُندا
شد ز يك نقطه عيان از دهنت سرّ وجود
نيستى بين كه بيان، نكتش هستى كُندا^۴

جنان پر كشيد و عالم خاكى را وداع نمود.

زادگاه

آقاعلى حكيم در اصفهان چشم به جهان گشود و به جهت اشتهار پدرش به زنورى به آقاى على زنوزى لقب گرفت گو اينكه اغلب امضاهاى وى و مقدمه كتابهايش «آقاعلى مدرس تهرانى» و «آقاعلى مدرس» امضا نموده است. او تحصيلات خود را در اصفهان نزد پدرش و ميرزا حسن فرزند ارشد ملاعلى نورى سپرى نمود و سپس در قزوين خدمت ملا آقاى قزوينى علوم عقليه را تحصيل نمود و به اصفهان بازگشت و پس از پنج سال و به تهران مسافرت و در آن شهر اقامت گزيده و به تدريس معقول اشتغال ورزيد تا اينكه در شب شنبه 17 ذى قعده 1307 مرغ روحش به جنان خراميد و جسد شريفش در جوار مزار پرنور عبدالعظيم حسنى مدفون گرديد.

انديشه و افكار

گرايشهاى فلسفى آقاعلى حكيم، فلسفه صدرايى مشهور به حكمة متعاليه است بنابراين اغلب بلكه تمامى آثار او بر محور مسايل فلسفه اولى يا الهيات به معنى اخص و مباحث كليه وجود (امور عامه) و نفس و معاد، دور مى زند و در آثار او مانند آثار غالب فيلسوفان حكمت متعاليه به اخلاق شخصى، تدبير خانواده و سياست مدن كه از مباحث فلسفه عملى به شمارند، پرداخته نشده است. بنابراين مدرس زنوزى را در واقع بايد از پيروان و مروجان حكمت متعاليه قلمداد كرد و از جمله حكيمان مؤسس به حساب نمى آيد.
البته در ابتكارات وى در طرح مباحث فلسفى نبايد غافل بود او مانند پدرش كه طرحى نو در فلسفه درانداخت و مسايل فلسفه الهى را در كتابش لمعات الهيه به عپارسى تدوين نمود، چند ويژگى را در آثار خود ابداع كرد بدين ترتيب:
1 ـ چند رساله پارسى در فلسفه الهى نوشت مانند بدايع الحكم و رساله حقيقة