تيمور لنگ رو به ويرانى رفت. ^۱ به گفته اورسل، «از آن همه شكوه و عظمت ديرينه اين شهر بزرگ اينك جز خرابه اى بدريخت چيز ديگرى برجاى نمانده است. كاخ ها، حمام ها، پرستشگاه ها، مساجد، خانه ها همه يكسر به تلّ خاك و خرابه هاى غم انگيزى بدل شده است كه گاهى از ميان آنها قنات نيمه پرى عبور مى كند.» ^۲
رى در آغاز عصر صفوى ويرانه اى بيش نبود. شاردن سياح فرانسوى عهد صفويه كه از رى در آن عصر بازديد كرده گويد «آخرين خرابى اين شهر در نتيجه جنگ هاى داخلى، در دوره اسلامى، حمله مغول و تاتار صورت گرفته است». ^۳ شاه طهماسب صفوى در 944ق به تهران آمد و توجه او به تهران، رى را از رونق انداخت و ديگر كسى به آبادانى و توسعه آن همت نگماشت. پس از چندى با توسعه تهران و حتى پايتخت شدن آن، رى جزوى از تهران شد. شاه عباس صفوى هنگامى كه براى سركوبى ازبكان از قزوين به سمت خراسان حركت كرد، در طهران بيمار شد. او پنجاه روز بسترى بود و چون از معالجه پزشكان نااميد گشت به شهررى رفت و به آستان حضرت عبدالعظيم پناهنده شد و بهبود يافت. ^۴ رى از آن پس چندان در منابع مورد توجه نيست و عمدتاً تهران به عنوان يكى از شهرهاى عمده و به ويژه پايتخت دولت قاجار مطرح است و رى تنها به مكانى تبديل شد كه تكريم آن صرفاً به سبب وجود آستان حضرت عبدالعظيم واجب مى گشت.
اين آستان در عصر قاجار به ويژه در دوران انقلاب مشروطه اهميتى ويژه يافت. آن جا ملجأ و پناه آزادى خواهانى شد كه براى تحقق آرمان هاى خود در آن متحصن

نبردى مهم با پادشاه روم پرداخت. رومانوس پادشاه روم چون از سوى آلب ارسلان به صلح فراخوانده شد، گفت «صلح نخواهم كرد مگر در رى» كه اين اهميت رى را مى رساند. در دوران جانشينى ملكشاه، رى بر آبادانى اش افزوده شد. ^۱ مدارس و خانقاه هاى متعددى در آن ساختند و به لحاظ فرهنگ و تمدن رشد قابل توجهى يافت. همسر وى زبيده خاتون، كه فرزندش بركيارق در رى به تخت نشست، توسط وزير ديگر فرزندش كشته شد؛ او را در آن جا به خاك سپردند ^۲ و بقعه اى بر مزار وى ساختند كه به «بى بى زبيده خاتون» معروف گشت. امروزه اين مكان را زنان زيارت مى كنند. در مجموع اگرچه سلاجقه حاكمان سنى مذهب بودند، اما وزرا و دولتمردان شيعى در دستگاه آنان به نشر تشيع در رى و ساير نقاط مى پرداختند كه از جمله مى توان به مجدالملك براوستانى اشاره كرد.
رى زادگاه حسن صباح داعى اسماعيليه نزارى در ايران بود و بسيارى از مردم شهر پيرو او شدند.
اين شهر را مغول، دست خوش تاخت و تاز بى رحمانه خود قرار داد. ^۳ نجم الدين دايه كه شاهد اين تهاجم خونين بوده است از عمق آن فاجعه سخن گفته و آن را به تصوير كشانده است. او كه در رى به دنيا آمده و رشد كرده است مى گويد «مغول در رى حدود پانصدهزار نفر را به قتل رسانيده و اسير كردند.» ^۴ رى كه عروس شهرهاى دنيا بود در فاجعه مغول چنان ضربتى خورد كه ديگر هيچ گاه نتوانست اعتبار قبلى خود را بازيابد. البته در عصر ايلخانان و جانشينان چنگيز به ويژه غازان خان، بخشى از ويرانى ها جبران و رى و قلعه طبرك نيز بازسازى شد ^۵ ؛ اما برخى از آن چه آباد شده بود دوباره با هجوم