امامت مسجد جامع يك روز با حنفى ها و يك روز با شافعى ها بود. در قرن سيزدهم اين اختلافات صورت جدال مسلحانه را به خود گرفته بود. از بيانات ياقوت مى توان چنين استنباط كرد كه يكى از دو مذهب در بين شهرنشينان و ديگرى در بين اهالى دهات شيوع و غلبه داشته. بنابراين احتمال قوى مى رود كه سبب توليد اين خصومت نه تنها جهات مذهبى بوده بلكه علل اقتصادى هم دخالت داشته.
بعد از قتل و غارت مغول، شهر ديگر اهميت سابق خود را به دست نياورد. در دوره مغول يكى از نواحى نه گانه و يا تومان هايى كه عراق عجم يعنى مدى قديم منقسم شده بود رى با بلاد و قراء اطرافش بود (حمداللّه قزوينى، 52) و شهر عمده تومان مزبور رى نبود بلكه ورامين بود كه اكنون خرابه هاى آن نمايان است. جغرافيانويسان قرن دهم ورامين را به عنوان قريه ذكر مى كنند (اصطخرى، 209) حكومت رى درزمان مغول ها با حكمران موروثى مخصوصى بود قسمتى از شهر رى در دوره سلطنت ايلخان غازان (1295 ـ 1304) ترميم گرديد. در سمت شمالى شهر در پاى كوه قلعه بنا شد (و يا به عبارت صحيح تر ترميم يافت) كه موسوم به طبرك بود و در قرن دوازدهم اين قلعه برقرار بود (ابن اثير، ج 9، ص 268) قسمت عمده اهالى صفحه رى در آن زمان شيعه بودند و فقط چند قريه به مذهب حنفى باقى بودند. بعد از سقوط سلطنت آل هلاكو رى مثل قرن دهم در مقدرات قطعات مجاور بحر خزر شريك شده و در جزو قلمرو اميرعلى كه استرآباد و مازندران را در تصرف داشت، داخل گرديد. در سنه 1384 امير ولى در نزديكى استرآباد از تيمور شكست خورده و در همان سال عساكر تيمور بدون جنگ رى را متصرف شدند. بدين طريق رى در دوره تيمور از قتل و غارت مصون ماند. در شرح سفرهاى تيمور چند مرتبه از رى سخن مى رانند ولى ظاهرا مقصود از رى شهر معروف رى نيست بلكه صفحه رى منظور نظر مى باشد كلاوخيو (187) كه در سال 1404 از رى گذشته در محل رى سابق فقط خرابه هايى مشاهده كرده است. علت ترجيح ورامين به رى تا يك اندازه به واسطه كثرت آب ورامين بوده كه از جاجرود مهم ترين رودخانه اين محل استفاده

محمديه ناميد. اين اسم در روى سكه هايى كه مهدى در دوره وليعهدى خود زده بود، غالبا ديده مى شود. در زمان جغرافيانويسان قرن دهم رى شهر معتبرى بود هرچند كه از حيث عظمت و دولت به پاى نيشابور نمى رسيد (مقدسى، 391) رى مثل سائر بلاد بزرگ به شهرستان و قهندر و ربض منقسم بود. مسجد جامعى كه مهدى بنا كرده بود مثل سمرقند و بخارا بين ارك و شهرستان واقع بود ابن رسته راجع به ارك مى نويسد (169) كه ارك بر روى قله «صعب المرتقى» واقع بود و از بالاى اين كوه منظره تمام شهر ديده مى شد طول و عرض شهر بنا به بعضى روايات (مقدسى، 391) 1 فرسخ و به قول برخى ديگر (اصطخرى، 207) 211 فرسخ بود.
در قرن دهم اهالى هم قلعه و هم شهرستان را ترك گفته بودند و مثل سائر مراكز تجارتى و صنعتى رونق زندگانى به قسمت ربض كه بازارهاى متعددى در آنجا واقع بود منتقل گشته بود بازار عمده را به مناسبت اسم رودى كه از آنجا مى گذشت، روده مى ناميدند غير از آب دو رودخانه اهالى از آب چاه ها هم استفاده مى كردند. ناحيه رى معروف به حاصلخيزى و آب و هواى گرم بود زيرا از بادهاى شمالى محفوظ بود. ليكن در آن زمان هم آب و هواى رى را مثل آب و هواى طهران امروزه مخصوصا در فصل تابستان براى مزاج مضر مى دانستند. كوه آتشفشان دماوند با ارتفاع 5900 مترى آن از همه جا و از مسافت بزرگى از سمت جنوب نمايان بود. از آتش فشانى كوه در قرن دهم ذكرى نمى كنند ليكن از قله كوه هميشه دودى نمودار بود (اصطخرى، 210) چنان كه معروف است دماوند را در افسانه هاى ايران محل حبس ضحاك ظالم مى دانند كه به دست فريدون مغلوب و محبوس شد. شهر رى در قرن يازدهم دچار صدمات حمله غزها واقع گرديد ولى در دوره سلجوقيان مرمت يافت. طغرل بيك مؤسس اين سلسله در رى مدفون است. ضربت قاطعى كه به شهر وارد آمد در سال 1220 از حمله مغول بود، به طورى كه ياقوت تعريف مى كند (ج 2، ص 893 ـ 894) شهر قبل از حمله مغول به واسطه نقار و نفاق بين حنفى ها و شافعى ها خالى شده بود (مقدسى، 391) در قرن دهم از رقابت اين دو مذهب سخن مى راند. بنابه گفته مقدسى