قرآن و ساير كتب آسمانى، كليات، دائرة المعارف، فرهنگ، لغت نامه، ادبيات، تاريخ ادبيات و شعرا، رجال، تذكره، شرح حال، طب قديم، تفسير، فقه، اصول فقه، اخبار فقه، كلام و بلاغت، اخبار و احاديث، مقتل، ادعيه، عرفان، تاريخ، جغرافيا، جغرافياى تاريخى، سفرنامه و خاطرات، فلسفه و منطق، اخلاق و معارف اسلامى، تعليم و تربيت، جامعه شناسى، علوم اجتماعى، زبان شناسى، علوم پايه شامل: رياضيات، هيئت و نجوم، علوم كامپيوتر، فيزيك، مكانيك، شيمى، بيوشيمى، علوم پزشكى، علوم طبيعى، هنر و ساير موضوعات متفرقه و گوناگون ديگر.
به طور كلى مى توان گفت كه كتابخانه آستان مجموعه اى نفيس و كامل از كتب كم نظير و بعضا بى نظير مى باشد. خداوند به واقفين، اهداكنندگان و خيرين، جزاى خير عنايت فرمايد، راهشان پررهرو باد.
كتب خطى
كتابخانه داراى مجموعه خطى نفيس در حدود 720 جلد كتاب با بيش از هزار عنوان، شامل قرآن ها و ساير موضوعات مى باشد كه كليه اين آثار توسط اشخاص خير و علاقمند به آستان، وقف كتابخانه گرديده است. در ميان آنها مى توان ذيلاً به ذكر نمونه اى از نفايس آن پرداخت.
1 ـ قرآن خطى:
خط متن نسخ و كتابت، سه سطر اول و وسط و آخر هر صفحه ثلث جلى، عالى، بدون رقم ـ تاريخ تحرير 940 ق ـ كاغذ سمرقندى، جدول زرين دار، جلد سوخته معرق طلاپوش لولادار عالى (قرن 11) شماره صفحات 1004، هر صفحه 11 سطر، قطع وزيرى بزرگ به اندازه 200×310 ميلى متر.
دو صفحه افتتاح متن و حاشيه مذهب مرصع عالى و در ميانه ترنجى روى متن لاجورد به قلم زر و خط ثلث سوره فاتحه نوشته شده، آغاز سوره بقره يك سرلوح
