بَهج الصِباغه شرحی مفصل و در چهارده جلد بر کتاب نهج البلاغه است. این شرح به گونه موضوعی ترتیب یافته است و مؤلف مباحث هر موضوع را در کنار هم جای داده است. علامه شوشتری در این اثر حدیثی همچنین به آثار پیشین نظر داشته و با حالتی منتقدانه، روش و کتاب را نقد کرده است.
قاموس الرجال، حواشی انتقادی ایشان بر کتاب تنقیح المقال علامه مامقانی است. این مجموعه که با تکیه بر حافظه خارق العاده و مطالعات بی‌نظیر ایشان پدید آمده است موجب تکمیل و تتمیم کتاب تنقیح المقال گشته است.
الأخبار الدخیله از جمله کتابهای ابتكارى ایشان است. علامه شوشتری در این اثر به بررسی روایات مختلف پرداخته و نارساییهای موجود در متن را که معمولاً از سوی ناسخان پدید آمده است، معرفی و برطرف می‌سازد.
