اجتهاد و استنباط، حتی در حوزه‌‌هایی که در قلمرو فقه و اعتباريات شارع نیست، ملحق به قیاس و مردود می‌باشد و بدين ترتيب دايره قياس و استنباط مذموم را که محدوده خاصی داشت گسترش دادند. اين‌گونه بود که عالمان و دانشمندان قم از روش نقد تعقلی در سایر حوزه‌های فکری نیز خودداری کردند.
شیخ صدوق با استناد به روایاتی که در آنها از جدل و کلام انتقاد شده است^۱ جدل و بحث درباره خدا و امور دین را ممنوع می‌شمارد.^۲ تفکر حاکم بر مدرسه بغداد برخلاف مدرسه قم این‌گونه نگرش را برنمی‌تافت.
موضعگیری شدید و منتقدانه شیخ مفید و شاگردانش موجب شد که این طرز تفکر به کناری نهاده شود. تندترین انتقادات شیخ مفید از شیخ صدوق و طرز تفکر عالمان قم در دو کتاب تصحیح الاعتقاد و رسالة حول العدد آمده است.
شیخ مفید درباره تفکر نص‌گرا و پرهیز از خردورزی برخی محدثان می‌نویسد:
لکنَّ أصحابَنا المُتَعلِّقینَ بِالأخبارِ أصحابُ سلامةٍ و بُعْدِ ذهنٍ و قِلّةِ فِطْنةٍ یَمُرّون علی وجوهِهم فیما سَمِعُوه مِن الأحادیثِ و لا یَنظرون فی سندِها و لا یَفرُقون بینَ حقِّها و باطلِها و لا یَفهَمون ما یَدخُلُ علیهم فی إثباتِها و لا یُحَصّلون معانِیَ ما یُطلقونه مِنها^۳.
اما [متأسفانه] محدثانِ نص‌گرای اماميه افرادی پاکدل، کم‌دقت و کم‌درايت هستند؛ در احاديثی که می‌شنوند چندان دقت نمی‌کنند، در اسناد آنها نمی‌نگرند، سره و ناسره آنها را از هم تشخيص نمی‌دهند، پيامدهای پذيرش آنها را درنمی‌يابند و مفاهيم احاديثی را که نقل می‌کنند نمی‌پالايند.
خضوع قمیها در مقابل روایات و اجتناب از تحلیل و نقد آن موجب شد که برخی از آنان به سبب وجود پاره‌ای از روایات، سهو پیامبر صلی الله علیه و آله را در امور غیر مربوط به ابلاغ رسالت بپذیرند. همچنان‌که به جهت نقل پاره‌ای از احادیث، ماه رمضان را همیشه سی روزه بدانند و دخالت اعتبار در امور تکوینی را پذیرا باشند.

جلسات املای حديث در کتاب امالی وی گويای درستی اين ادعايند. بیش از پانزده حوزه حدیثی در آثار شیخ صدوق مورد اشاره قرار گرفته است.^۱

2. نص‌گرایی

مهم‌ترین ویژگی مدرسه حدیثی قم نص‌گرایی و اعتماد به متون نقلی است. آنان سعی می‌کردند تنها در محدوده نقلیات کاوش و جستجو کنند و از دخالت مستقل و جسورانه عقل در تحلیل و تأویل خبر بپرهیزند. اگر شیخ صدوق را نماینده مدرسه حدیثی قم بشماریم و از زاویه دید او به اخبار، کلام نقلی و عقاید بنگریم تفاوت آشکار این مدرسه با مدرسه حدیثی بغداد را بهتر شاهد خواهیم بود.
پرهیز از دخالت ندادن هر چه جز حدیث در ساماندهی فکری و باورهای دینی موجب گشت مباحث اعتقادی، کلامی و فقهی از مستقلات عقلی دوری گزیند و در مباحث نقلی تبلور یابد و حتی نگاشته‌های فقهی نیز نقل مضمون روایات معصومین علیهم السلام بود. چیزی که اکنون با عنوان فقه مأثور از آن یاد می‌شود. کتابهای الهدایه و المقنع (در فقه) و الاعتقادات (در عقاید) نمونه شفاف نص‌گرایی مدرسه حدیثی قم است. شیوه فقه مأثور به حوزه‌های حدیثی دیگر شیعه نیز گسترش یافت.

3. پرهیز از رأی و اجتناب از عقل‌گرایی

شیوه و روش اهل رأی، که سردمدار آن ابوحنیفه (فقیه سنی کوفه) بود مورد مخالفت شدید ائمه علیهم السلام قرار گرفت و استفاده از تمثیل^۲ و استحسان^۳ در یافتن احکام شرعی و فقهی مردود اعلام گشت. بدیهی است که آگاهی یافتن از اعتباریات شارع مقدس از طریق اِستحسان و قیاس (تمثیل) به هیچ وجه ممکن نیست.
نتیجه طبیعی تفکر نص‌گرایی مدرسه قم آن بود که از تفکر عقل‌گرای رايج در آن زمان دوری جوید. آنان نه تنها قیاس در احکام فقهی را مردود می‌دانستند، بلکه دیگر حوزه‌های معرفتی را نیز با فقه همراه کردند. آنان گمان می‌کردند هر گونه