در طول زندگى فلسفى خود درباره معاد دو موضع مختلف داشته است: نخست از طريق فلسفه و قواعد آن كوشيد تا معاد جسمانى را ثابت كند، اما بعدها از اين كار دست كشيده، پى برد كه فلسفه از اين كار ناتوان است. از اين رو، از معاد جسمانى فلسفى، به «معاد وحيانى» روى آورد.
به نظر مؤلف، خطاى اخلاقى استاد در اين ادعا آن است كه ايشان براى اثبات اين ادعا سخنانى از ملاصدرا نقل مى كند، كه عمدتاً با تقطيع آنها و حذف صدر و ذيل آنها صورت گرفته است. ممكن است واقعاً ملا صدرا چنين گذارى را طى كرده باشد، اما ايشان راه نادرستى را براى تبيين آن پيموده است و اگر سخنانى را كه استاد نقل كرده است، در متن اصلى آنها قرار دهيم، نه تنها از آن، اين ادعا به دست نمى آيد، بلكه تأكيد ملاصدرا بر همان معاد جسمانى فلسفى آشكارتر مى گردد.
مؤلف، پس از نقل كامل سخنان ملاصدرا و تحليل ديدگاه وى در كتاب هاى مهم او، به اين نتيجه رسيده است كه نمى توان به استناد اين سخنان، ملا صدرا را تفكيكى دانست و اين شيوه نقل و انتساب نادرست است.
دومين فصل اين بخش به بررسى نسبت هاى نادرست به افراد اختصاص دارد. مؤلف از ميان نسبت هاى مختلف، تنها اين يك مورد را به تفصيل كاويده و نادرستى آن را نشان داده است. بنا بر اين نظر، استاد در جايى ادعا كرده است كه هفت تن از بزرگان عرفان و فلسفه، ملاصدرا را به دليل اعتقاد به معاد جسمانى تكفير كرده اند. اين هفت تن، به گفته استاد، عبارت اند از: آقا على حكيم، شيخ محمدتقى آملى، علامه حايرى سمنانى، ميرزا احمد آشتيانى، سيد ابوالحسن رفيعى قزوينى، امام خمينى و شهيد مطهرى. ايشان در جايى اين ادعا را مطرح ساخته و دلايل و مستندات سخن خود را به متن ديگرى ارجاع داده اند؛ اما پس از مراجعه به متن اصلى و بررسى دلايل، نشانى از تكفير ديده نمى شود. مؤلف، پس از بررسى دعاوى استاد در اين باره، به خطاهاى اخلاقى رخ داده اشاره كرده، اين شيوه را راه درستى براى دفاع از مكتب تفكيك ندانسته است.
سومين فصل اين بخش، به انواع مغالطاتى اختصاص دارد كه، به نظر مؤلف، استاد حكيمى در آثار خود با هدف تقرير و دفاع از مكتب تفكيك يا نقد مخالفان تفكيك مرتكب شده است. اين مغالطات متعددند و مؤلف از آن ميان، پنج نوع مغالطه را به تفصيل بررسى نموده است. اين مغالطات و توضيح مختصر آنها عبارت اند از: 1. مغالطه منشأ. 2.مغالطه خلطانگيزه و انگيخته. 3.مغالطه پهلوان پنبه. 4. مغالطه مسموم كردن چاه. 5. مغالطه نقل قول ناقص.
يكى از مهم ترين دلايل مخالفت استاد حكيمى با فلسفه، خاستگاه يونانى آن است.