شيخ بهايي در اين مسائل، از حديث (با رعايت قواعد فقه الحديث و بايسته‌هاي دانش رجال) به مثابه منبعي براي تشريع و تبيين احكام به هنگام فقدان يا سكوتِ نص قرآني و تبيين مجملات و تفسير مبهماتِ آيات سود برده است ^۱ .
همچنين، شيخ بهايي در مرحله گردآوري، به اهميتِ آگاهي فقيه از اختلاف نُسخه‌ها و گونه‌هاي مختلف متنِ روايت، واقف بوده و در موارد متعددي، به گزارش اختلاف نُسَخ روايات پرداخته و گاه، ميان آنها ارزش‌گذاري نيز كرده است؛ ^۲ براي نمونه، ذيل روايت: «... عن أبي عبدالله قال: ينبغي لأولياء الميّت أن يؤذنوا إخوان الميّت بموته فيشهدون جنازته و يصلّون عليه و يستغفرون له ....» مي‌نويسد:
در بعضي از نسخه‌ها اين متن به شكل يشهدوا و يصلّوا و يستغفروا آمده است و حرف نون از آخر اين افعال افتاده است و همين متن أولي است.^۳
روشن است كه اين ارزش‌گذاري شيخ مي‌تواند به دليل وحدت مفهوم امري اين افعال با «أن يؤذنوا» باشد كه از صيغ امر هست. همچنين، در مواردي عدم مناسبت با مقام بيان حديث را دليل ترجيح يك نسخه بر ديگري دانسته است؛ براي مثال ذيل روايت:
... عن الرجل يجنب فيصيب جسده .... الشيء اللّكد مثل علك الرّوم والطّرار و ما أشبهه فيغسل فإذا فرغ وجد شيئاً بقي في جسده من أثر الخلوق ... قال: لا بأس.
ضمن معناشناسي كلمه الطّرار به خاك، مي‌گويد:
هر چند در برخي نسخه‌ها الطّراز آمده است لكن داراي معنايي كه مناسب با موضوع اين حديث باشد، نيست^۴.

2. فهم متن

معناشناخت مفردات

معناشناختِ مفردات گزاره‌ها، مرحله دوم نظام فقه الحديثي شيخ بهايي، پس از مرحله گردآوري است. او كه اديبي فرزانه و توانا در ادب عربي است، بر نقش آگاهي‌هاي دقيقِ فقيه از لغت و زبان عربي در فهم و تفسير حديث، تأكيد كرده است. شيخ در معنا‌شناسي مفردات آيات و روايات، همواره سعي دارد واژگان کليدي و بنيادين روايت را تبيين و تحليل نمايد؛ براي نمونه، در تفسير آيه (نِسَاؤُكُمْ حَرْثٌ لَكُمْ( در معناي حرث مي‌نويسد:

گستره گردآوري گزاره‌ها رخ بدهد و اهميت رعايت آن تا حدي است كه ناديده گرفتنش، از موانع فهم مقصود شارع به شمار مي‌آيد ^۱ . شيخ بهايي، به اهميت اين گام بنيادي در فقه الحديث و تأثير آن در استخراج نظر شارع اسلامي واقف بوده، و در گردآوري گزاره‌هاي فقهي كتاب الطهارة آن را رعايت كرده است. ^۲ البته اين خود، پس از اطمينان از انتساب درست نصوص روايي به معصومان و ارزيابي اسناد مشکوک در موارد لزوم، بوده است. ^۳ در نگاه شيخ بهايي در اين مرحله، جستجو و گردآوري گزاره‌هاي قرآني ناظر به موضوع از اولويت و تقدم رتبي برخودارند. از اين رو، وي در آغاز هر بحث، آيه يا آيات ناظر به موضوع را همراه با شناسة قرآني آن گزارش مي‌كند و سپس سراغ گزارش روايات از كتب اربعه حديثي شيعه مي‌رود. براي نمونه در آغاز مسلك دوم، الطهارة الترابية ^۴ چنين مي‌نويسد:
فصل اول از اين مسلك اختصاص دارد به تبيين آياتي از قرآن كه در بيان تيمم نازل شده است.^۵
لذا شيخ بهايي، در نظام فقه‌الحديثي خود، قرآن محوري را در گردآوري گزاره‌هاي شرعي، و به دنبال آن، در تحليل و سنجش اعتبار محتوايي آنان، رعايت كرده است. روشن است كه اين اقدام بيانگر قرآن‌مداري فقاهت و توانمندي قرآن شناختِي شيخ بهايي است. اين ويژگي در دغدغه‌ها و تلاش‌هاي تفسيري وي در اين كتاب موج مي‌زند و گاه مطالب قرآن شناسي كتابش از جهت برگ و بار، بر مباحث حديثي وي سنگيني مي‌كند ^۶ .
در مسائل جزئي فروعاتِ فقهي ـ كه قرآن نسبت به بيان احكام آنها ساكت بوده ـ شيخ به صورت مستقيم، به سراغ روايات رفته است كه البته پس از اطمينان از نبودِ گزارة قرآني ناظر به مسأله است؛ براي نمونه در باب چگونگي انجام تيمم، بحث را چنين آغاز كرده است:
در کيفيت تيمّم، هشت حديث است؛ سوم و پنجم آن از الکافي و الباقي از کتاب التهذيب است^۷.
يا در آغاز فصل دوم از مسلك دوم نيز مي‌نويسد:
در مسأله موارد جواز تيمم، چهارده حديث وجود دارد: در الكافي و الفقيه هر كدام دو عدد و بقية آنها در التهذيب است.^۸