و شيخ بهايى، در جواب وى نوشت:


اى صاحب مسئله، تو بشنو از ما
تحقيق بدان که لامکان است خدا
خواهى که تو را کشف شود اين معنا
جان در تن تو، بگو کجا دارد جا؟ (همان: ص ۴۱)
ولى اين سوال و جواب، آنقدر ابتدايى است، که ساختگى بودن آن واضح است و نسبت دادن آن به حکيم و عارفى چون ميرداماد و شيخ بهايى، وجهى ندارد.
اما اين مناظرات، بين شاگردان آنها، جدى تر و صورت علمى به خود يافته، که تاکنون بدان پرداخته نشده است. رد پاى اين مناقشات را، بايد در کتاب موش و گربه شيخ بهايى، که در بيان مناظره بين صوفى و فقيه نگاشته شده، جستجو کرد؛ چون خود شيخ، به جهت مسلک عرفانى که داشته، از طعن و قدح مخالفان تصوف، در امان نبوده است ^۱ .
شاگردان ميرداماد نيز، بر اين اساس، به قدح وى و دفاع از استادشان، ميرداماد، پرداخته اند. اولين متعرض جدى شيخ بهايى، مير احمد بن زين العابدين عاملى اصفهانى است. او، شاگرد و داماد ميرداماد است و هر چند از شيخ بهايى، اجازه نقل روايت دريافت نموده، ولى با نگارش کتاب (النفحات اللاهوتية فى العثرات البهائية)، علناً به مصاف شيخ بهايى رفته است. اين کتاب را اولين بار، شيخ عبدالنبى قزوينى و به نقل از وى، شيخ آقا بزرگ طهرانى، در الذريعه گزارش نموده، ولى تاکنون، نسخه اى از آن شناسايى نشده است ( الذريعة الى تصانيف الشيعة: ج 24 ص 251). گويا نسخه اى از آن، در يکى از کتابخانه هاى شهر باکو نگهدارى مى شود.
عبدالنبى قزوينى که اين کتاب را مطالعه نموده، در باره سستى اعتراضات وى مى نويسد:
السيد احمد بن السيد زين الدين العلوى، نسيب السيد الداماد و تلميذه، کان عالماً، فاضلاً، متفنناً فى العلوم، متقنا فيها. و له تآليف کثيرة فى الفنون؛ لکنّه لما جعل تعصب السيد المزبور، نصب عينه و کانت همته مقصورة على ذلک، انتقض لذلک من القلوب و لا يلتفت الى تأليفاته. ويعلم ذلک من کلماته الباردة التى أوردها فى کتابه، النفحات اللاهوتية فى العثرات البهائية(تتميم امل الآمل: ص 62).
از ديگر کسانى که بر شيخ بهايى تعريض نموده اند، ملا رفيعا الگيلانى است که در مثنوى خود، موسوم به « نان و پنير»، بر شيخ بهايى خرده گرفته است.
شاگردان شيخ نيز، مدافع شيخ بودند که از جمله آنها، حکيم ملا کاظم تنکابنى است. او، شرحى نيز بر تشريح الافلاک استادش، شيخ بهايى، نگاشته و آن را، نهايه الادراک فى شرح تشريح الافلاک، نام نهاده است ( الذريعة الى تصانيف الشيعة: ج 24 ص 394).