قسمت پژوهش‌هاي حديثي ، تحديد دامنه ممكن نيست و لذا نمى توان نمايش سبب نزول را در محدوده كتاب مشخّصى از نرم افزار، خواست و يا اعلام اسباب نزولِ كتاب يا كتب خاصّى را به طور خاص ديد.
از سوى ديگر، فهرست منابع بخش هاى مختلف نرم افزار که موضوع مشابهي دارند، يكسان نيست و برخى كتب در برخي قسمت‌ها وجود ندارد و نيز امکانات ارائه شده در همه پنجره‌هاي دامنه کتابي يکسان نيستند.
2. ذخيره سازي. در برخي صفحات نرم‌افزار، متن انتخابي همراه با نشاني آن به يادداشت انتقال نمي‌يابد. در صفحه قرآن، کتاب‌خانه و تمام صفحات دانش‌نامه، جز صفحه حديث در کارتابل نمايش، اين اشکال وجود دارد. در ضمن، کليک بر روي آيکن انتقال به يادداشت در دو کارتابل نمايش و جستجو ، پيامي نادرست است.
3 . گروه سازي در كلمات قرآن. يكى از امكاناتى كه غالب نرم افزارهاى مركز تحقيقات كامپيوترى، در صفحات جستجو، در پنجره تعريف كليدواژه در اختيار كاربر مى گذارد ، امكان گروه سازى است . اين امکان، انجام جستجوهاى پيشرفته عطفى و فصلى را فراهم مى ‌آورد. اما متأسفانه امكان گروه سازى در كلمات قرآن، در هيچ يک از صفحاتى كه براى جستجو در قرآن طرّاحى شده است، فراهم نيست.
4 . دامنه محيطى. در قسمت كتاب خانه، كه مهم ترين بخش نرم افزار است و به واسطه آن، برنامه جامع تفاسير نور، منحصر به فرد شده، محيط‌هاى متعدّد فراهم نيست. لذا تمام عمليات به يک محيط ختم ميشود.
5. ميان‌برها. کليک راست بر روي متون، در برخي صفحات، فهرستي از گزينه‌ها را مي‌گشايد که آيکن و يا کارتابل مربوط به آنها در صفحه اصلي وجود دارد. از اين رو، استفاده از کليک راست براي رسيدن به اين گزينه‌ها، در واقع، طولاني کردن مسير است و لذا نيازي به گنجاندن آنها در فهرست گزينه‌هاي کليک راست، وجود ندارد.
6. نشاني آيات متن. در برخي از صفحات، نشاني آيات متن با نگه داشتن نشانگر بر روي آنها به نمايش در مي‌آيد و در برخي ديگر، نه.