جنبه بارز فقه استدلالى او، اسلوب فقه تطبيقى و علم الخلاف ^۱ است، که مى‌توان او را بعد از ابن جنيد اسکافى، اولين مؤلّف اماميه در اين زمينه قلمداد نمود، و کتاب‌هاى انتصار و ناصريات او را، کهن‌ترين کتب موجود در علم الخلاف، که حاوى مهم‌ترين مسائل فقهى در همه ابواب هستند، برشمرد.
سيد مرتضى با استخراج، تهذيب و تثبيت قواعد و اصول عقلى و لفظى فقه اماميه، به ارائه نظامى مبتنى بر اصول موضوعه دست زد، و فقه خود را بر آن بنيان نهاد. او با وارد نمودن ادلّه و راهکردهاى عقلىِ پذيرفته شده از سوى شارع، در فقه اماميه و با پاى‌بندنگشتن به نصوص اخبار، به تفريع و تطوّر در فقه دست زد، و زمينه بروز اجتهاد مصطلح را در ميان اماميه پى‌ريزى نمود (مقاله نگرشي بر فقه سيد مرتضي: سيد مهدي طباطبايي).

3ـ روش تفسيرى:

وي در زمان خود، از معدود مفسراني بود که قرآن را با نظر و انديشه عقلي تفسير مي‌کرد و پيش از ايشان، بيشتر، تفسير قرآن بر اساس حديث بود. شريف مرتضي در تفسير آيات قرآن، آنجا که نصي در حديث براي معني کردن آيه وجود نداشت، به اصول اعتقادي و چارچوب‌هاي فکري شيعي تکيه مي‌کرد، و با استفاده از لغت، روش عقلي و ذوق سليم، معنايي برداشت مي‌نمود که مخالف آيات و روايات نباشد (مقاله سيري کوتاه در زندگاني سيد مرتضى علم الهدي: مجله حديث انديشه ش 2 ص62).

4ـ شيوه برخورد سيد مرتضي با احاديث:

قرن چهارم هجرى و مسائلى که در آن جريان داشت، به سيد کمک مى‌کرد که حديث امامى و غير امامى را تدوين کند، و ثروت عظيمى هم در اختيار او بود و آن، اين که پس از تدوين اين احاديث، قدرت نقد اين احاديث را پيدا کرد. اين دو کار (يعنى تدوين و نقد حديث)، در دو کتاب انتصار و ناصريات به خوبى مشاهده مى شود. نقد حديثى که سيد بر آن همّت داشت، بسيار بيشتر از آن يچزى بود که حديث تا آن روز به خود ديده بود. نقد وى، به ردّ و نپذيرفتن بسياري احاديث منجر شد، به ويژه احاديثى که از آنها بوى غلوّ، تشبيه و جبر مى‌آمد. او احاديث و اخبار واحد غير موثّق و گاهي موثّق را نمى‌پذيرفت؛ چرا که به عقيده او، چنين احاديثى نمى‌توانست مصدر يک حکم شرعى باشد (‌ ادب المرتضى من سيرته و آثاره: ص 35 و 36).