مهم‌ترين آثار علمي سيد مرتضي عبارتند از:
ـ در فقه و اصول: 1ـ الانتصار 2ـ الذريعة الى اصول الشيعة 3ـ شرح مسائل الخلاف فى اصول الفقه 4ـ المصباح فى الفقه 5ـ المختصر فى الاصول 6ـ الناصريات 7ـ مسائل اصول الفقه 8ـ مسائل الانفرادات فى الفقه 9ـ جمل العلم و العمل 10ـ المسائل الرسية الاولى.
ـ در تفسير و علوم قرآن: 1ـ کتاب الصرفة (في اعجاز قرآن) 2ـ المحکم و المتشابه 3ـ تفسير سوره حمد و بعضى از سوره بقرة 4ـ الموضح عن جهة اعجاز القرآن.
ـ در علم کـلام و اعتقادات: 1ـ الشـافى فى الامامة 2ـ تنـزيه الانبيـاء و الائـمة( 3ـ المقنـع فى الغيبة 4ـ انقاذ البشر من الجبر و القدر 5ـ الاصول الاعتقادية 6ـ احکام اهل الاخرة 7ـ المسائل المتباينات.
ـ در ادبيات: 1ـ غرر الفوائد و درر القلائد، يا امالى المرتضى 2ـ ديوان المرتضى(در بيست هزار بيت) 3ـ شرح قصيدة السيد الحميرى 4ـ الشهاب فى الشيب و الشباب 5ـ طيف الخيال.
قضاوت‌هاي رجال‌شناسان:
مرحوم نجّاشي، که از شاگردان جناب سيد مرتضي بوده، اين‌چنين به توصيف استادش مي‌پردازد:
علي بن الحسين بن موسى ... ، أبو القاسم المرتضى حاز من العلوم، ما لم يدانه فيه أحد في زمانه، و سمع من الحديث فأکثر، و کان متکلماً شاعراً أديباً، عظيم المنزلة في العلم و الدين و الدنيا. صنف کتباً (رجال النجاشي: ص 271 ش 708).
لازم به ذکر است که مرحوم نجّاشي، کتاب رجال خويش را به امر استادش، سيد مرتضي، نگاشته است. آنجا که در مقدمه مي‌نويسد:
فانّي وقفت على ما ذکره السيد الشريف ـ أطال الله بقاه وأدام توفيقه ـ من تعيـير قوم من مخالفينا أنه لاسلف لکم ولا مصنف.
شيخ طوسي، که از شاگردان بارز درس سيد مرتضي است، مي‌نويسد:
.. متوحد في علوم کثيرة، مجمع على فضله، مقدم في العلوم، مثل علم الکلام و الفقه و أصول الفقه و الأدب و النحو و الشعر و معاني الشعر و اللغة و غير ذلک ( الفهرست للطوسي: ص 99 ش 421).
علاّمه حلي نيز در خلاصة الاقوال مي‌نويسد:
و بکتبه استفادت الإمامية منذ زمنه رحمه الله إلى زماننا هذا، و هو رکنهم و معلمهم قدس الله روحه و جزاه عن أجداده خيراً (رجال العلامةالحلي: ص 95 ش 22).
همچنين نقل کرده‌اند که وقتي در مجلس درس خواجه نصير الدين طوسي، ذکري از سيد مرتضي به ميان مي‌آمد، مي‌گفت: صلوات الله عليه ، سپس به سوي حضار روگردانده و مي‌گفت: « کيف لا يصلى على المرتضى؟!» (روضات الجنات: ص 385).
