2. ايشان در تأويل آيه‌هاي قرآن، از توجيه‌هاي گوناگوني استفاده کرده که آنها را به اين صورت مي‌توان دسته‌بندي کرد:
الف) پاره‌اي از برداشت‌هاي نادرست، ناشي از بي‌توجهي به مباحث لغت‌شناسي و اقتضائات زبان عربي است. مثلاً در مورد آيه وَعَصَى آدَمُ رَبَّهُ فَغَوَى (طه: آيه ۱۲۱) ، مي‌نويسد:
برداشت نادرست، ناشي از اشتباه در فهم معناي «عصيان» و «غوي» مي‌باشد؛ زيرا در زبان عربي، به کسي که به فرماني که برعهده‌اش گذارده‌اند، مخالفت نمايد، «عاصي» گفته مي‌شود؛ چه اين امر، وجوب داشته باشد و يا غير آن (نفل). و لفظ «غوي» به معناي «خاب» نيز به کار مي‌رود، يعني زيان کرد. اين ضرر نيز بدان علت است که حضرت آدم به ثواب بزرگي که خدا برايش در نظر گرفته بود (در صورت صرف نظر از خوردن ميوه ممنوع)، نرسيده و آن را از دست داده است.
ب) گاهي ظاهر آيه‌اي تاب دو تفسير مختلف را دارد، که يکي سازگار با عصمت أنبياء و ديگري ناسازگار با آن است. در اينجا، چون عصمت أنبياء با ادله عقلي ثابت شده، بايد تفسيري را پذيرفت که با عصمت ايشان سازگار است. مثلاً در داستان حضرت يوسف، در ذيل آيه 21 سوره يوسف وَلَقَدْ هَمَّتْ بِهِ وَهَمَّ بِهَا، پس از ذکر معاني مختلفي که براي واژه «همّ» ارائه داده، مي‌نويسد:
فإذا کانت وجوه هذه اللفظة مختلفة متسعة على ما ذکرناه، نفينا عن نبي الله ما لا يليق به و هو العزم على القبيح و أجزنا باقي الوجوه لأن کل واحد منها يليق بحاله.
ج) برخي اشکال‌ها در اثر بي‌توجهي به شأن نزول، أحوال زمان نزول آيه و نشانه‌هاي تاريخي است. مثلاً در مورد آيه لَئِنْ أَشْرَكْتَ لَيَحْبَطَنَّ عَمَلُكَ (الزمر: آيه 65)، طبق روايات شيعه، قضيه اين‌گونه است:
وقتي که پيامبر صلوات الله عليه و آله، خلافت و جانشيني اميرالمؤمنين( را اعلام نمود، گروهي از قريش خدمت پيامبر عرض کردند که: بسياري از مردم، تازه مسلمان‌اند و دوست ندارند که نبوت در تو و امامت در پسر عمويت باشد. اگر آن را به ديگري بسپاري، بهتر است. ... اين‌جا بود که آيه نازل شد، بدين معنا که «لئن اشرکت مع علي في الامامة غيره، ليحبطن عملک».
د) مراد برخي آيات برخلاف تصوّري که مي‌شود، کساني غير از انبياست. مثلاً در مورد آيه فَلَمَّا أَثْقَلَت دَّعَوَا اللّهَ رَبَّهُمَا لَئِنْ آتَيْتَنَا صَالِحًا لَّنَكُونَنَّ مِنَ الشَّاكِرِينَ * فَلَمَّا آتَاهُمَا (أعراف: آيه ۱۸۹ و ۱۹۰) ، احتمال مي‌رود که مراد آيه، غير از آدم و حواء باشد، و به «من أشرک» برگردد. و يا در مورد آيه « عَبَسَ وَ تَوَلَّى أَنْ جاءَهُ الْأَعْمى»، گفته شده که شخص مورد نظر، يکي از ياران رسول خداست که اين فعل از او سر زده است؛ زيرا نه قرينه‌اي محکم در آيه وجود دارد که به پيامبر اسلام برگردد و از ديگر سوي، با توصيفي که خداوند در قرآن از خلق و خوي پيامبرش مي‌کند، منافات دارد (و إنک لعلي خلق عظيم).