در مورد امام حسن مجتبي( : بر کنار کردن خودشان از خلافت و صلح و بيعت با معاويه و ...
در مورد امام حسين( : مخالفت کردن با نصيحت بسياري از بزرگان چون ابن عباس در عدم قيام، با افراد کم به جنگ لشکر بي‌شمار رفتن، جمع بين قيام آن‌حضرت و صلح برادرشان امام حسن( و ...
در مورد امام رضا( : پذيرش ولايتعهدي خليفه غاصب عباسي.
و در مورد امام زمان( : پيرامون غيبت آن حضرت و ضررهاي احتمالي آن.
لازم به ذکر است که اين بخش از کتاب حدود يک چهارم حجم کتاب را به خود اختصاص داده است.
شيوه مؤلف در پاسخ‌گويي به اشکالات:
مؤلف، در اول بخش تنزيه ائمه، ابتدا به ذکر قاعده‌اي کلي در منزه دانستن امامان مي‌پردازد و سپس به تک تک اشکالات اشاره کرده و جواب مي‌دهد. وي مي‌نويسد:
قد بينا في صدر هذا الکتاب أن الأئمة ع معصومون من کبائر الذنوب و صغائرها و اعتمدنا في ذلک على دليل عقلي لا يدخله احتمال و لا تأويل بشي ء. فمتى ورد على أحدهم( فعل له ظاهر الذنب وجب أن نصرفه عن ظاهره و نحمله على ما يطابق موجب الدليل العقلي فيهم... و إذا ثبت أن أمير المؤمنين( إمام فقد ثبت بالدليل العقلي أنه معصوم من الخطاء و الزلل فلا بد من حمل جميع أفعاله على( جهات الحسن و نفي القبيح عن کل واحد منهما و ما کان منها له ظاهر يقتضي الذنب علمنا في الجملة أنه على غير ظاهره فإن عرفنا وجهه على التفصيل ذکرناه و إلا کفانا في تکليفنا أن نعلم أن الظاهر معدول عنه.(تنزيه الانبياء و الائمة: صفحه 216).
ضمن اين‌که به کتاب ديگرش ـ الشافي في الامامة ـ نيز ارجاعات فراواني دارد. ايشان، در نقل‌هاي تاريخي، بيشتر از کتاب‌هاي: تاريخ طبري، وقعه صفين (نصر بن مزاحم)، الارشاد (شيخ مفيد)، تفسير قمي، الغارات (ابراهيم بن محمد ثقفي) و مروج الذهب (مسعودي) بهره جسته است.
استفاده از روايات:
در تأييد مطلب و جواب از اشکال، بيشتر از بخش پيشين (تنزيه انبيا) به چشم مي‌خورد. سيد مرتضي حدود 20 مرتبه از حديث استفاده کرده که فقط در سه مورد، اين روايات منقول، حاوي اشکال به ائمه( است. ۱
1.. اين سه روايت که قصد ايراد به حضرت اميرالمؤمنين ( را دارند، عبارتند از: قال كنت إذا حدثني أحد عن رسول الله( بحديث استحلفته بالله ... ـ ... فإنما الحرب خدعة ـ أن أمير المؤمنين( خطب بنت أبي جهل بن هشام في حياة الرسول... ! که سيد مرتضي از طرق مختلف (سندي و دلالي) به جواب پرداخته است.
