سيد مرتضى، شيوه استادش را در تکميل مباحث فقهى و اجتهادى دنبال کرد، و توفيق يافت در زمينه هاى علمى، نظريه هاى فقهى و اجتهادى او را تکامل بخشد. همچنين ابوابى در مسائل اصول گشود، که هر کس کتاب الذريعة الى علم الاصول وى را مورد بررسى قرار دهد، اين نظر را تصديق خواهد کرد (شخصيت ادبي سيد مرتضي: ص93 ؛ دائرة المعارف تشيع: ج9 ص463 و 464).
در اين قسمت، به بيان ديدگاه‌ها و نظرات شريف مرتضي در زمينه‌هاي کلام، فقه، تفسير قرآن و روايات مي‌پردازيم:
1ـ ديدگاه‌هاي کلامي:
از جمله آثاري که تاکنون درباره آراء و ديدگاه‌هاي کلامي سيد مرتضي تأليف شده، بخش سوم از کتاب انديشه‌هاي کلامي شيخ مفيد، نوشته مارتين مکدرموت است. برخي از آراء کلامي ايشان را اين‌گونه مي‌توان ذکر کرد:
نخستين تکليف ديني در نظر سيد مرتضي، عبارت از تکليف و وظيفه‌اي است که عقل براي شناختن خدا دارد. از حديث در آغاز اين شناسايي، کاري برنمي‌آيد، و تنها راه رسيدن به شناخت و معرفت خدا، عقل و استدلال است. پس از آن‌که اين مطلب به اثبات رسيد، آ‌ن‌گاه مي‌توان وحي را صحيح و راست دانست، و از آن به عنوان دليلي همراه با عقل استفاده کرد. استدلالي که سيد مرتضي براي اثبات وجود خدا مي‌کند، همان برهان متعارف کلامي است که بر پايه حدوث جهان مادي بنا شده است.
سيد مرتضي، به صورتي ژرف وارد نظريه فلسفي ارسطويي نشده، يا واقعاً در ردّ خود به آن نپرداخته، چنان آگاهي درستي از اين نظريه نشان داده است که نزد هيچ يک از متکلمان ديگرِ همزمان با او ديده نمي‌شود (دائرة المعارف تشيع: ج9 ص463 و 464).
شاگردان شيخ مفيد با وجود اختلافات مهم در زمينه فقه، درحيطه کلام، سيري نزديک را طي نمودند، و تحقيقات کلامي آنان در آثاري چون الذخيرة سيد مرتضي، تقريت المعارف أبوالصلاح حلبي، و تمهيد الاصول شيخ طوسي، بسط مکتب کلامي شيخ مفيد به شمار مي‌آيد. البته ميان آنان اختلافاتي در ظرايف ديده مي‌شود، چنانکه قطب الدين راوندي در رساله‌اي، اختلافات کلام شيخ مفيد و سيد مرتضي را درباره حدود 95 مسأله گرد آورده بوده است (دائرة المعارف بزرگ اسلامي: ج 13 ص 323).
شيوه روايي در مسائل کلامي:
وسام الخطاوي در المناهج الروائيه عند الشريف المرتضي، به بررسي منهج روايي سيد مرتضي، در مسائل کلامي مي‌پردازد. برخي از مهم‌ترين اين موارد عبارتند از:
