کتب سيد بن طاووس اعتماد کرده، امّا محدّث نوري، بر آنها، با آنچه در دو کتاب فلاح السائل و سعد السعود بوده، استدراک زده است.
اگر چه پيش از اين بيان شد که محدّث نوري، به ملاک‌هاي صاحب وسائل پايبند بوده و تلاش کرده که مستدرکي جامع بر کار او بنگارد، امّا ملاحظه برخي مطالب، ممکن است در ذهن مراجعه‌کنندگان، اين شبهه را ايجاد کند که ايشان، در برخي موارد، از ملاک‌هاي صاحب وسائل عدول کرده است. در اين‌جا، به صورت مختصر، به توضيح برخي از اين موارد، بر اساس مباني محدّث نوري مي‌پردازيم:
يک. شيخ حرّ عاملي، در خاتمه وسايل الشيعه، در آغاز فائده چهارم، از سيزده کتاب ^۱ نام مي‌برد که علي‌رغم در دست داشتن آنها، به دليل احراز نشدن وثاقت و يا ثبوت ضعف مؤلفان، آنها را ترک کرده است (وسايل الشيعه: ج30 ص 159). در عين حال، در مصادر مستدرک الوسائل، نام شماري از اين کتب به چشم مي‌خورد که صاحب مستدرک، بر خلاف شيخ حرّ، از اين‌ها بهره برده است.
واقعيت آن است که محدّث نوري نيز، بر تمام اين کتب اعتماد نکرده است، بلکه به نظر مي‌رسد، هفت مورد را به علت عدم اعتماد، به کلي رها کرده است که احتمالاً، اين هفت مورد، از کساني هستند که پيش از اين، ضعف آنها، براي شيخ حرّ نيز ثابت شده بود، و تنها شش کتاب ^۲ از سيزده مورد را، آورده که احتمالاً اين شش کتاب، از دسته‌اي باشند که وثاقت مؤلفين آنها، پيش از اين، براي شيخ حرّ احراز نگشته بود، اما محدّث نوري، با بررسي‌هاي خود كه در خاتمه به آنها اشاره كرده، نسبت به وثاقت مؤلفين آنها، اعتماد حاصل كرده و به آنها اطمينان مي‌كند (ر.ک: خاتمه مستدرک: مقدمه تحقيق ص 18).
دو: نگاهي اجمالي به ساختار دو کتاب وسائل و مستدرک، چنين مي‌نمايد که کتاب وسائل، يچزي جز حديث ندارد و مؤلف، مانند ساير کتب حديثي، ضوابط خاص نقل حديث را رعايت کرده است. به ديگر سخن، مؤلف، حتي‌الامکان روايت را ذکر کرده و در اکثر موارد، سند کامل روايت را نيز آورده است. امّا مستدرک الوسايل، در بسياري از موارد، اقوالي را از کتب نقل کرده، که هيچ شباهتي به روايت نداشته، و چنين به نظر مي‌رسد که نظرات فقهي قدما باشد ^۳ .
از نظر محدّث نوري، تمام آنچه در کتاب خود آورده است، عين متن روايات است، و چنين نيست که از فتاواي قدما باشد. از کلمات ايشان در خاتمه مستدرک، چنين استنباط مي‌شود که