در سال 427 هجرى (1043 ميلادى) كه راه رى به روى عزنويان باز شد بسيارى از مردم اين سرزمين در جنگها كشته و شهر ويران تر از گذشته شد و آنچه از كتب علوم و فلسفه و نجوم بود به باد يغما رفت، در سال 434 هجرى دوره سلجوقيان و سپس در سال 590 هجرى در دوره خوارزمشاهيان، رى همچنان در آتش ناامنى و آشوب مى سوخت و همچنين در تاخت و تاز مغول آنچنان ويران شد كه ديگر روى آبادى به خود نديد. از آن پس ورامين كه از توابع رى شمرده مى شد مركز ادارى حكومت مغول گشت و آن شهرى كه اصطخرى درباره آن گويد (پس از بغداد شهرى آبادتر از رى درمشرق نبوده و درازا و پهناى آن يك فرسنگ و نيم در يك فرسنگ و نيم بوده و ديه هاى آن هريك بزرگتر از شهرى بوده) كارش بدانجا رسيد كه تيمور بى هيچ گونه مقاومتى بر آن دست يافت و آن را از مردم و آبادى تهى كرد.
اين فراز و نشيب ها در تاريخ شهرى به قدمت تاريخ، همچنان ادامه داشت تا به زمان حاضر پيوست و حتى در گذشته اى نه چندان دور در كتب درسى مى خوانديم كه (خرابه هاى رى نزديك تهران است).
امّا امروز در پرتو عنايات امامزاده واجب التعظيم حضرت شاهزاده عبدالعظيم و امامزاده حمزه عليهماالسلام و توجهات مخصوص مسئولان امور آستان مباركشان، پراكندگيهاى گذشته در عصر رستاخيز به يكپارچگى مبدل گشته و عشاق بارگاه قدسى براى درك فيض بيشتر به آبادانى اين درگاه عاليجاه همت گمارده اند تا آنجا كه ديگربار رى مجد و عظمت خود را باز يافته و به صورت شهرى باشكوه و زيبا در جنوب تهران، پايتخت كشور ايران خودنمايى مى كند.
همچنين ايجاد پالايشگاه نفت در جنوب شهر رى به عنوان يك پديده صنعتى، رى را علاوه بر جنبه هاى ملى و مذهبى به سوى يك شهر صنعتى گرايش داده است.