به احتمال فراوان، علت ديگر جدايي ابو حنيفه از جابر، برخي عقايد شيعي او مانند رجعت، علم خدادادي ائمه عليهم السلام و تبري از خلفاي پيش از امام علي عليه السلام و عدم تقيه وي در بيان اين اعتقادات باشد. ابو حنيفه خود به اين علت نيز اشاره کرده است:
جابر جعفي با پيروي از هوا و هوس، نفس خود را فاسد نمود و فساد عقيده خود را آشکار ساخت ^۱ .

امامت فرقه مغيريه

فرقه‌نگاران و شرح حال نگاران اهل تسنن ^۲ او را دومين رئيس فرقه مغيريه، يکي از فرقه‌هاي غالي منتسب به شيعه ـ که مغيرة بن سعيد ^۳ آن را تأسيس کرد ـ معرفي کرده‌اند. مغيريه، پس از امام باقر عليه السلام از ادعاي شاخه حسني آل محمد صلي الله عليه و آله و سلم حمايت کرده، به اردوي محمد بن عبد الله بن حسن مشهور به نفس زکيه پيوستند ^۴ ، اما به نظر مي‌رسد جابر پس از وفات امام باقر عليه السلام، به شاخه حسيني و به طور خاص، امام صادق عليه السلام وفادار ماند ^۵ و مانند همه شيعيان جعفري از مغيرة برائت جست ^۶ . بر همين اساس، سفيان بن عيينه از جابر نقل کرده که علم رسول الله صلي الله عليه و آله و سلم، به علي عليه السلام منتقل شده و از وي به حسن عليه السلام و از او به حسين عليه السلام و از امامي به امام ديگر تا اين که به جعفر بن محمد عليه السلام رسيده است ^۷ . در روايتي از رجالال کشي نيز، امام صادق عليه السلام ضمن تأييد جابر جعفي، مغيرة بن سعيد را لعن کرده است ^۸ . مادلونگ احتمال مي‌دهد جابر زماني با مغيرة بن سعيد در ارتباط بوده است؛ اما نمي‌توان به اين علت جابر را از مغيريه دانست ^۹ . علاوه بر اين، ابن شهر آشوب نيز جابر جعفي را از خواص اصحاب امام صادق عليه السلام دانسته است ^۱۰ .