2. كتاب فضل العلم

اين كتاب ، با تأكيد بر تفقّه در دين و پرهيز از راه هاى غير يقينى و گمان آور ، به نوعى ، دنباله كتاب «عقل و جهل» به شمار مى رود . در آغاز كتاب ، به برخى روايات در فضيلت دانش اندوزى پرداخته شده است . سپس ابوابى به نهى از اظهار نظر گمانى ، در مسائل دينى و استفاده از روش هاى نامعتبر ، مانند قياس و نتايج برآمده از قياس ـ كه باعث پيدايش بدعت در دين است ـ ، اختصاص داده است . در پايان نيز ضمن چند باب ، از كتاب و سنّت ، به عنوان مبنا و اساس فهم دين ياد مى كند .

3. كتاب التوحيد

اين كتاب ، از مهم ترين بخش هاى الكافى است كه به موضوعات گوناگون ، مربوط به شناخت خداوند و صفاتش مى پردازد . بسيارى از عناوين باب هاى اين كتاب ، از مسائل مورد مناقشه متكلّمان و فيلسوفان در عصر كلينى گرفته شده و روايات مربوط به آن ، ذيل هر يك ، شناسايى و درج شده اند . از همين روى ، گاه عنوان باب ، در هيچ يك از رواياتْ به كار نرفته است و در واقع ، درج اين روايت ، ذيل اين باب ، از اجتهادات كلينى است .
براهين مبتنى بر حدوث عالم كه معمولاً در مناظرات امام صادق عليه السلام ، با گروه موسوم به «زنادقه» و «دهريّون» بيان شده ، در آغاز اين كتاب آمده اند. سپس احاديث مربوط به شى ء بودن خداوند و در عين حال ، منزّه بودن او از جسمانيّت ـ كه منشأ اتّهام هشام بن حكم به تجسيم و تشبيه بوده است ـ ، بابى را به خود اختصاص داده است . پس از آن ، مسئله كلام الهى ـ كه محور مجادلات موسوم به خلق قرآن ، بين اصحاب حديث و معتزله بوده است ـ و در ادامه ، مسئله رؤيت خداوند ـ كه پايبندى حنابله به ظواهر آيات و نيز وجود پاره اى روايات مورد مناقشه در اين مورد ، عامل پيدايش آن بود ـ ، مورد توجّه كلينى قرار گرفته است.
ابواب ديگرى در تقسيم صفات به ذاتى و فعلى ، و بيان ماهيّت برخى پديده هاى الوهى ، همانند : عرش و كرسى ، در ادامه آمده اند ، سپس به بررسى منازعات مربوط به افعال الهى ، از قبيل: مسئله بدا ، جبر و اختيار ، خير و شرّ ، سعادت و شقاوت ، حجّت خداوند بر بندگان و دخالت او در هدايت افراد ، پرداخته شده است .