محل، دو درس از دو عالم مخالف برگزار مى شد. بدين رو، آنها نمى توانستند در غفلت از يكديگر، و با بسندگى به مبانى و انديشه هاى فرقه اى خود، ادامه حيات بدهند؛ بلكه بايد همواره ناظر بر يكديگر و حاضر در ميدان هاى نقد و نظر باشند. اين وضعيت، اقتضا مى كرد كه به منابع برون متنى نيز توجّه كنند.
از قرن سوم تا پنجم هجرى، بغداد، پايگاه مهم شيعيان و نايبان چهارگانه امام عصر عليه السلام بود. شيخ مفيد، سيد مرتضى، كلينى و سيدرضى، در اين شهر باليدند و آثار بزرگ و ماندگارى همچون: نهج البلاغه، الكافى، كتاب من لايحضره الفقيه ، تهذيب الأحكام ، الاستبصار و الشافى، از محصولات اين مركز بزرگ علمى است. ^۱
مكتب قم، شامل برخى از علماى بزرگ قم و رى، مانند شيخ صدوق و پدر ايشان، على بن بابويه قمى بود؛ امّا اين دو دبستان يا گرايش، بعدها (بويژه در زمان صفويه) در قالب دو مدرسه اصولى و اخبارى، تولّد دوباره يافتند. ^۲
مرحوم شيخ طوسى، در قرن پنجم، با تأليف دو كتاب بزرگ حديثى (تهذيب الأحكام و الاستبصار) و چند كتاب فقهى (النهاية فى مجرد الفقه والفتاوى ، الخلاف و المبسوط فى فقه الإمامية) ، براى مدّتى به اختلافات مكتب قم و بغداد خاتمه داد. ^۳ در واقع، مى توان گفت كه شيخ طوسى، بيش از آن كه ادامه شيخ مفيد و سيد مرتضى باشد، تداوم مشى معتدل و ميانه كلينى رحمه الله بود؛ اگرچه زبان و ادبيات و سلوك علمى اش، بيش از همه، به سيد مرتضى شباهت داشت. سيره و روشى كه شيخ طوسى آغازيد، نه ادامه راه استادانش (شيخ مفيد و سيد مرتضى) بود و نه دنباله كار بزرگانى همچون شيخ صدوق. مكتب و برنامه هاى شيخ طوسى را بايد بيشتر در امتداد مشى كلينى دانست