كان مضطربا في معيشته هناك، وقد نقلت كتب التراجم وقوع مناظرات متفرقة بين الملّا خليل وعلماء آخرين من الشيعة والسنّة في مسائل مختلفة.
وقد نقل الشيخ الحرّ العاملي أنّه في سفره الأوّل إلى مكّة المكرّمة التقى بالملّا خليل وكان مشغولاً بكتابة حاشية على تفسير مجمع البيان. ^۱
وكتب عبد الحيّ الرضوي في كتاب حديقة الشيعة ^۲ ضمن نقله لأوضاع الحجّ: أنّ حكّام مكّة إذا صادف عيد الأضحى عندهم يوم الجمعة يسمّونه الحجّ الأكبر، وحينئذٍ تكون لهم منافع كثيرة، ولذلك نراهم لو أنّ عيد الأضحى صادف يوم السبت يعلنون العيد يوم الجمعة، وكان هذا أمرا مشكلاً للشيعة؛ لأنّهم إمّا يتابعون الحكّام وأبناء العامة، وإما يبقى حجّهم ناقص ولا يستطيعون الإحلال من إحرامهم. نقل عبد الحيّ الرضوي عن والده: أنّ ملّا خليل القزويني حجّ وطرحت هذه المشكلة، فلم يتابعهم في أمرهم، لكنّهم لمّا عرفوا ذلك أصدروا حكم الإعدام في حقّه، ولكنّ الملّا خليل اختفى في تنّور ونقل إلى نقطة من نقاط الحجاز، وبقي هناك إلى الموسم القادم، فلمّا جاء الموسم الجديد جاء بهيئة حطّاب يحتطب الشوك من الصحراء ويحمله مع قافلة حتّى دخل مكّه وأدّى فريضة الحجّ ورجع. ^۳

7/1. رجوعه إلى قزوين

لقد رجع الملّا خليل إلى قزوين بعد إقامته لعدّة سنوات في مكّة المكرّمة، وبقي في قزوين إلى آخر عمره الشريف مشغولاً بالتدريس والتأليف، وقد فقد بصره في آخر عمره، وفي سنّ الثامنة والثمانين ودّع هذه الدار الفانية وقضى نحبه.

13. المولى محمّد يوسف بن پهلوان صفر القزويني.
14. المولى مهدي بن حاج عليّ أصغر القزويني.
15. المولى محمّد مؤمن بن شاه قاسم السبزواري.
16. المولى أبو الوفاء بن محمّد يوسف المشهور بالقاضي القزويني.
17. المولى محمّد صالح بن محمّد باقر الروغنيّ القزويني.
18. المولى عاشور بن محمّد التبريزي، الذي ألّف كتاب خلّة المؤمنين في سنة 1063ق باسم ملّا خليل. ^۱

5/1. تولّيه أوقاف الرَّيّ

عُيّن الملّا خليل مدرّسا في الروضة المقدّسة لشاه عبد العظيم الحسيني وتولّى أوقافها وكان في سنّ السابعة والعشرين من عمره الشريف، وقد نصّبه على ذلك رفيقه الدراسي «خليفه سلطان» الذي حصل على وزارة السلطان عبّاس. ولكن بعد مدّة من تسلّمه هذه الوظيفة عزل منها، وعيّن مكانه المولى نظام الدين القرشي الساوجي وذلك في حدود (1040ق).
ويظهر من بعض ما ذُكر في حياة بعض المؤلّفين أنّ سبب عزله من هذا المنصب هو حكمه بحرمة صلاة الجمعة. ^۲
فقد ذكر الأفندي في بيان أحواله: أنّه قدس سره كانت له مع حاكم طهران وقزوين قصص أحداث كثيرة أدّت إلى عدم توافقه مع حكّام الريّ وطهران أثناء تولّيه أوقاف الريّ.

6/1. هجرته إلى مكّة

لمّا عزل الملّا خليل من منصب تولية الروضة المقدّسة لحضرة عبد العظيم الحسني عليه السلام هاجر إلى مكّة المكرّمة، وأقام في تلك البلدة الطيّبة عدّة سنوات، ولكن