عقل یا برتری و تقدم وحی در برخی امور نیست؛ چرا که همین سخن را در باره حس، تجربه و دیگر مبادی شناخت نیز می‌توان گفت. این که حس می‌تواند ویژگی‌های یک جسم را درک کند و از آن خبر دهد، ولی چنین مسائلی در حوزه ادراک مستقیم عقل قرار نمی‌گیرد، هرگز به معنای برتری و تقدم حس بر عقل نیست. مهم این است که حس، هیچ ‌گاه نمی‌تواند ادراکات کلی عقل را نقض کند و همواره باید تقدم و اولویت عقل را محترم بشمارد. از این رو، هر جا میان یافته‌های حس و عقل اختلافی پدید آید، این حس است که باید خطای خود را بپذیرد و در برابر عقل سر تسلیم فرود آورد.

در رابطه میان عقل و دین نیز همین شرایط حاکم است. اگر چه آگاهی دین از حقایق فراوان هستی و خبرهایی که در این باره می‌دهد، برای انسان و سعادت او بسیار ارزشمند و سرنوشت‌ساز است، ولی این واقعیت با برتری و تقدم عقل منافاتی ندارد؛ زیرا نیرویی که حقانیت دین و صداقت پیام‌آوران آن را درک می‌کند، پس از این تشخیص، ادراک و قضاوت‌های خود را تعطیل نمی‌کند؛ حتی در جایی که می‌فهمیم توان درک موضوعی را نداریم و حقیقت آن را باید از وحی به دست آوریم، باز این عقل است که حاکم است و پذیرش دیدگاه دین را در چارچوبی که خودش تعیین می‌کند لازم می‌شمارد. بنا بر این، مخالفت با حکم شرع در شرایطی که آن حکم در چارچوب مورد تأیید عقل صادر شده باشد، مخالفت با عقل نیز به شمار می‌رود. همان ‌گونه که وقتی مسافری نشانی راهی را نمی‌داند و این ‌گونه تشخیص می‌دهد که فرد خاصی از آن نشانی آگاه است، اگر به راهنمایی آن فرد توجه نکند، عقلش را زیر پا گذاشته است؛ اما اگر همین مسافر نشانه‌هایی را مشاهده کند که از قصد سوء یا خطای آن راهنما حکایت دارد، به حکم عقلش از او پیروی نخواهد کرد و این بار، پذیرش سخن همان راهنما، مخالفت با فرمان عقل محسوب می‌شود. پس حتی در جایی که حوزه آگاهی و ادراک عقل نیست نیز هم‌چنان حاکمیت و تقدم عقل پا بر جا است.

البته در خصوص وحی و سخنان معصومان علیهم السلام _ که در حکم وحی است _ نکته‌ای وجود دارد که آن را از سایر منابع شناخت جدا می‌سازد؛ چرا که عقل، بدون تکیه بر دلایل درون‌دینی، معصوم بودن وحی و مصونیت آن را از هر گونه خطا می‌پذیرد. از این رو، در جایی که میان آموزه‌های وحیانی و یافته‌های خود تعارض و منافاتی ببیند، دیگر این جا نمی‌تواند آن گونه که در هنگام تعارضش با امثال حس بر خطای آن منبع شناخت حکم می‌کرد، وحی را نیز خطاکار بداند. با این حال، در فرض مشاهده این تعارض، باز این یافته‌های قطعی