تأليفات

سيّدمرتضي، در موضوعات متعدد علوم و فنون عقلي و نقلي آثار متعددي نگاشته است که برخي از آن‌ها چند مجلّد تحت يک عنوان و برخي شامل فقط چند صفحه‌اند. مرحوم نجّاشي و شيخ طوسي براي ايشان بيش از 40 تأليف (کتاب و رساله) بر مي‌شمارند. ^۲ ؛ ^۳
سيّد محسن امين که به برخي از رساله‌هاي ايشان نيز اشاره کرده، به ذکر 90 تأليف پرداخته است؛ ^۴ امّا سيّد مرتضي خود در مقدمه‌ي کتاب «الناصريات» که بين برخي تأليفاتش تمييز داده، شمار آن‌ها را به 123 رسانيده است.
مهم‌ترين آثار علمي سيّد مرتضي را در موضوعات زير مي‌توان چنين برشمرد:

ـ در فقه و اصول

1- الانتصار 2- الذريعة الى اصول الشيعه 3- شرح مسائل الخلاف فى اصول الفقه 4- المصباح فى الفقه 5- المختصر فى الاصول 6- الناصريات 7- مسائل اصول الفقه 8- مسائل الانفرادات فى الفقه 9- جمل العلم و العمل 10- المسائل الرسية الاولى.

ـ در تفسير و علوم قرآن

1- كتاب الصرفة (في اعجاز قرآن)؛ 2- المحكم و المتشابه؛ 3- تفسير سوره حمد و بعضى از سوره بقرة؛ 4- الموضح عن جهة اعجاز القرآن.

ـ در علم كـلام و اعتقادات

1- الشـافى فى الامامة؛ 2- تنـزيه الانبيـاء و الائـمة؛ 3- المقنـع فى الغيبة؛ 4ـ انقاذ البشر من الجبر و القدر؛ 5ـ الاصول الاعتقادية؛ 6ـ احكام اهل الاخرة؛ 7ـ المسائل المتباينات.

ـ در ادبيات

1- غرر الفوائد و درر القلائد يا امالى المرتضى؛ 2- ديوان المرتضى(در بيست هزار بيت)؛ 3- شرح قصيدة السيد الحميرى؛ 4-الشهاب فى الشيب و الشباب؛ 5- طيف الخيال.

قضاوت‌هاي رجال‌شناسان

1.. صاحب کتاب رجال النجاشي. فان النجاشي في ترجمته (ص۲۰۶) لم يصرح بأنه من مشايخه إلا أن الخوانساري في ترجمة النجاشي في (روضات الجنات، ص۱۸) قال: «وقرأ على السيّد الشريف المرتضى أيضا كثيرا كما استفيد من التضاعيف»

2.(الفهرست للطوسي، ص۹۸، رقم ۴۲۱)

3.(رجال‏النجاشي، ص۲۷۰، رقم ۷۰۸.)

4.(أعيان الشيعة، ج۸، ص۲۱۳.)