ص 127، 149، 361، 381، 401، 588، 684). و گاهى اوقات، شرح، صحيفه عرفانى به خود مى‏گيرد و شارح، وارد مباحث عرفانى مى‏شود (از جمله در ص 195، 535، 543 (پاورقى 1)، 636) و گاه برخى مباحث را به تفصيل مورد بررسى قرار مى‏دهد (از جمله مبحث نجوم و مذموم بودن آن را در ص 5387 ـ 539).
حواشى توضيحى كتاب بر چند دسته است: بخشى از شارح مرحوم است كه با رمز «منه مدّ ظلّه» مشخص گشته است و شامل برخى توضيحات لغوى (از جمله در ص 43، پاورقى 1 ؛ ص 284، پاورقى 2) ؛ مباحث نحوى (از جمله در ص 43، پاورقى 2 ؛ ص 88، پاورقى 1) ؛ توضيح برخى عبارتهاى متن (از جمله در ص 93، پاورقى 3 ؛ ص 304، پاورقى 2) ؛ نقل گفته‏هاى استاد خود، شيخ بهايى (از جمله در ص 78، پاورقى 2)؛ برخى مباحث كلامى و فلسفى (از جمله در ص 19، پاورقى 3 ؛ ص 378، پاورقى 1 و 2 ؛ ص 379، پاورقى 1 و 2 ؛ ص 595، پاورقى 2).
دسته دوم حواشى از مرحوم سيد على است كه خطبه كتاب را نيز نگاشته است و اين حواشى بسيار اندك است (از جمله در ص 173، پاورقى 1).
دسته سوم حواشى كه بر ارزش علمى كتاب بسى افزوده است به قلم علامه شيخ محمد تقى شريعتمدارى (مدّ ظلّه) است كه با دقّت و تيزبينى نگاشته شده و حاكى از جامعيّت نويسنده آنهاست. تعليقات جناب علامه شريعتمدارى بر چند قسم است: الف) توضيحات لغوى (از جمله در ص 199، پاورقى 1 ؛ ص 214، پاورقى 1 و 2 ؛ ص 444، پاورقى 1 و3)
ب) توضيحات نحوى (از جمله در ص 173، پاورقى 4 ؛ ص 186، پاورقى 2 ؛ ص 453، پاورقى 1)
ج) توضيح و رفع توهم از عبارتهاى متن كتاب (از جمله در ص 346، پاورقى 1 ؛ ص 366، پاورقى 1 ؛ ص 533، پاورقى 1)
در بسيارى از اين موارد جناب شريعتمدارى از «رياض السالكين» سيد على خان مدنى سود برده و گاهى پس از نقل عبارتهاى سيّد در «رياض السالكين» آن گفته‏ها را نقد كرده و نظر خويش را نگاشته است (از جمله در ص 500، پاورقى 2 ؛ ص 549، پاورقى 2 ؛ ص 601، پاورقى 2 ؛ ص616، پاورقى 1).
د) ايراد بر مطالب كتاب با دلايل متقن (از جمله در ص 81، پاورقى 1 ؛ ص 128، پاورقى 1 ؛ ص173، پاورقى 2 و 4 ؛ ص 347، پاورقى 1 ؛ ص 636، پاورقى 2).