وى در پاسخ اتّهامات پُردامنه‏اى كه نويسنده بعض فضائح الروافض براى اثبات همانندگى شيعه با ملحدان آورده، مباحث فراوان كلامى را مطرح مى‏كند و ضمن تفاوت‏گذارى بين اعتقادات درست شيعه و آنچه كه وى به عنوان اتّهام عليه شيعه مطرح مى‏كند و نيز پاره‏اى از باورهاى عوام شيعه، بحث قابل توجّهى در مباحث مختلف كلام شيعى ارائه مى‏كند. قزوينى در اين مباحث به صراحت، فاطميان را از جمله ملحدان مى‏داند و آنان را خارج از اسلام مى‏شمارد.^۱
وظيفه امام غايب را به باور شيعه، هدايت مجتهدان در امر استنباط احكام مى‏داند و بر اين باور است كه «اگر در مسئله‏اى فقهاى شيعت را خلافى پديد آيد و مشتبه شود بر ايشان، بر امام واجب باشد كه ايشان را بيان آن معلوم فرمايد و علم به وجود و تصرّف امام لطف مكلّفان است و غير اين نيست».^۲ وى در اين قسمت به مسائلى پاسخ مى‏دهد كه گرچه جزء مسائل كلامى به حساب نمى‏آيد، با اين حال، در بين توده‏ها به عنوان باورهاى شيعى قلمداد مى‏شده است. بسيارى از اينها فروق فقهى و برداشت‏هاى فقهاست كه حتّى شمارى از آنها مورد اتّفاق همه علماى شيعه هم نيست و حتّى بعضى از آنها آيين و رسوم نامرتبط به مذهب است. طرح اين مسائل به عنوان باورهاى كلامى شيعه از سوى نويسنده بعض فضائح الروافض، گوياى روش غوغاسالارى و عوام‏فريبى وى است. از جمله مباحثى كه وى تلاش مى‏كند به عنوان

از همين باور مى‏داند و حتّى اعمال و رفتار ناشايست افرادى را كه به اعتقاد هر دو نفر، جزء ملاحده بودند، يعنى اسماعيليان مصر، زاييده همين باور مى‏داند و مى‏نويسد:
امّا آنچه از ايشان ياد كرده است از افعال بد و بدعت‏ها، همه بد است و ناپسنديده و كفر و ضلالت است، و همه قول و فعل و عمل ايشان مبتنى است بر آن مسئله اوّل كه به خصومت توحيد گفتند: «در خداشناختن به پيغمبر و معلّم صادق حاجت است».^۱
در نگاه شيعه، راه شناخت خداوند، عقل است و آموزه‏هايى كه در اين باره در سخن پيامبر صلى اللَّه عليه و آله و يا ديگر معصومان عليهم السلام وجود دارد، در واقع، ارشاد به امرى است كه حوزه فعاليت عقل است. عبد الجليل قزوينى، ديدگاه شيعه را در اين مورد چنين تقرير مى‏كند:
همه فقها و اصحاب تواريخ و آثار [را] معلوم است كه خلفا عن سلف، شيعه اصوليه را استناد مذهب و طريقت در معقولات با عقل و نظر باشد و بر اثبات توحيد خدا و عدل و پاكى و يگانگى [او] و عصمت و صدق انبيا و ائمّه، و اين طريقت خدا تقرير كرده است، و عقل عقيده بى‏تقليد و تعليم، فريشتگان آسمان‏ها همه اين مذهب دارند و بر اين عقيده‏اند، و انبيا را عليهم السلام در معقولات اين مذهب و طريقت بوده است.^۲