پژوهشگران گزينش مى شود تا در دستيابى محققان و خوانندگان به احاديث سرعت بخشد. پژوهشگر، در اين مرحله، نظرات خود را در مورد حذف و يا اضافه كردن برخى احاديث و يا نياز آنها به تحليل مى نويسد.

4 ـ 3 ـ 3 . نگارش درآمد و تحليل

اين مرحله از حساس ترين و مهم ترين مراحل تحقيق است. پژوهشگر، در اين مرحله، عهده دار دو وظيفه مى گردد:
نخست. به مطالعه پژوهش و گزينش معضلات روايات مى پردازد و سپس به شناسايى مشكل الحديث، غريب الحديث، احاديث متعارض و... پرداخته، با استمداد از قرآن، احاديث، كتاب هاى شرح الحديث، و راهنمايى هاى اساتيد راهنما، تحليلى مناسب را مى نگارد تا خواننده را در فهم احاديث يارى رساند.
دوم. مدخل نگارى براى آيات و سوره ها، بخشى از پژوهشى است كه پژوهشگر عهده دار آن است... مدخل، چشم انداز و شماى كلّى هر سوره است كه مخاطب را با كليات و تفسير مختصر روايى آن آشنا مى كند.
موضوعاتى مانند: اسامى سوره، ترتيب، زمان و شأن نزول، ترجمه آيات، تفسير فشرده، بررسى واژگان مشكل، و پيام هاى آيات از بخش هاى اساسى مدخل است.
واژگانى كه نيازمند توضيح و تبيين هستند، به دو صورت در مدخل به آنها پرداخته مى شود. ابتدا معناى لغوى آن از متون فرهنگ نامه هاى معتبر گزارش شده، سپس آن واژه در ديگر آيات قرآن و گفتار معصومان عليهم السلام بررسى مى شود تا بتوان به معناى متناسب با عصر حضور معصومان عليهم السلام دست يافت. پژوهشگران، در تمام مراحل چهارگانه فوق، از نظرات اساتيد راهنما، به ويژه مدير گروه تفسير بهره مند مى شوند، و پس از پايان يافتن مراحل فوق، گروه عهده دار نظارت، نقد و هماهنگ سازى محتوايى پژوهش انجام شده، از نظر انطباق با اصول و قواعد و مبانى تفسيرى مى گردد.

5 ـ 3 ـ 3 . تنظيم نهايى

تنظيم نهايى مجموعه توسط رياست پژوهشكده به انجام مى رسد. ايشان، با دقت ويژه خود، به نقد و چينش برخى از احاديث پرداخته، پژوهشگر را به بررسى و كاوش بيشتر ترغيب مى نمايند و در پايان، پس از اعمال نظرات و افزودن توضيحات لازم توسط ايشان، كتاب سامان مى يابد.
گفتنى است كه گاهى برخى از آثار پيش از چاپ توسط دو نفر از پژوهشگران پژوهشكده نقد شده و ايرادات آنها در ادامه كار رفع مى شود. سرانجام، پس از گذر از همه مراحل تحقيق، اثر مورد نظر از نگاه پژوهشگران پايان يافته تلقى مى شود و براى تخريج و ويرايش به پژوهشياران بخش مصدريابى تحويل مى شود.