2) آيا اشيا در ذات خدا حضور دارند؟!

خوانسارى در اثبات علم خداوند متعال نيز به دليلى بسيار روشن و محكم استناد كرده كه در نتيجه آن نيز از مشكل بزرگى كه در اين مورد دامنگير فيلسوفان شده، به راحتى رهيده است؛ چه اينكه فلسفه، علم خداوند را به «حضور ذوات اشيا در ذات خداوند» تفسير مى كند كه در نتيجه، لازم مى آيد ذات خداوند متجزّى و مقدارى باشد؛ بلكه حقيقت او عين تمام اشيا باشد و اصل آفرينش و خلقت به معناى واقعى آن، انكار گردد.
فلسفه براى فرار از اين اشكال، به وحدت اعتبارى براى ذات خداوند اكتفا كرده و آن را براى اعتقاد به وحدت حقيقى او كافى مى داند. همچنين بنابر اينكه طبق تفسير فيلسوفان، حقيقت «علم» همان «حضور» باشد، لازم مى آيد كه خداوند متعال، قبل از آفرينش اشيا، به آنها علم نداشته باشد.
در اينجا نيز فيلسوفان براى فرار از اشكال، آفرينش حقيقى و ايجاد بعد از عدم واقعى اشيا را انكار كرده، وجود آنها را ازلى و هميشگى دانسته اند. لذا آقا جمال، در اين باره نيز تفسير فيلسوفان از حقيقت علم را نپذيرفته، انحصار آن به حصولى و حضورى را باطل مى داند و مى نويسد:
و چنانكه علم به حقيقت ذات او محال است، پس علم به حقيقت علم او نيز محال خواهد بود. ليكن معلوم است كه [علم بارى تعالى به معلومات] به عنوان حصول صورت، چنانكه در ما مى باشد، نيست… و همچنين به عنوان حضور ذوات معلومات نزد او نيست؛ زيرا كه اين معنا پيش از وجود آنها معقول نيست و علم واجب تعالى به اشيا پيش از وجود آنها، مثل علم اوست به آنها در وقت وجودش. پس علم او به نحوى ديگر است، غير از اين دو نحو، و حقيقت آن بر ما معلوم نيست و دليلى بر انحصار راه علم در اين دو وجه نيست. ^۱