محدوده اين دو دانش محصور نماند و با روى آوردن به قرآن و سنت خود را از اسارت آنها نيز آزاد كرد، اما به هر حال، تأثير مبانى و گرايش به اين دو دانش در همه يا بيشتر آثار ملاصدرا هويداست. اين مدعا در شرح او بر روايات الكافى نيز صادق است.
شاهد گرايش صدرالمتألهين به مبانى فلسفى در شرح روايات آن است كه او هرگونه مخالفت با تعمق در معارف الهىِ انعكاس يافته را برخاسته از انديشه حنبلى نگرى مى داند، كه بر قشر و ظاهر روايات بسنده كرده و خود را از گوهرهاى درون اين صدف ها محروم ساخته اند.
بنگريد به اين روايت:

۰.إنّ الناس اَلوا بعد رسول الله (ص) إلى ثلاثة:... و جاهل يدع العلم لا علم له معجب بما عنده...؛مردم، پس از رسول خدا(ص) به سه دسته رجوع كردند:... و نادانى كه ادعاى علم دارد، حال آن كه فاقد علم است و به جهل خود فريفته است. ^۱

وى به فقيهانى كه تنها به فتوا دادن بسنده كرده و علم دين را منحصر به فقه دانسته و از تهذيب و سير و سلوك روى گردانده اند، شديداً حمله مى كند:
بدان، آنان كه بيش از ديگران مغرور و خود فريفته اند، گروهى هستند كه تنها به علمِ فتوا و احكام و حفظ مسائل حلال و حرام بسنده كرده و گمان كرده اند كه آن، علم دين و علم به قرآن و سنت رسول اكرم(ص) است، و علم راهيابى به آخرت و مجاهده با نفس و تهذيب باطن را رها كرده اند... ترديدى نيست اينان كه تنها به صورت علم فريفته شده و به دانشى كه اندوخته اند دلخوش اند و اين نشئه ها را انكار مى كنند؛ زيرا آنان از علومى كه حقيقتاً علم است و از معارفى - كه بدانها اشاره كرده ايم - آگاهى ندارند و از چنين دانشى روى گردانده و آن را انكار مى كنند. ^۲
صدرالمتألهين، مقصود از عقل را - كه در روايت «لما خلق الله العقل استنطقه» ^۳ ، نخستين آفريده خدا معرفى شده - صادر