با هجرت پيامبر اسلام به مدينه و گسترش اسلام به دورترين نقاط جزيره العرب و پيش آمدن حوادث جديد و افزايش مسلمانان ، آيات زيادى از قرآن به تناسب حوادث و نيازها در موضوعات مختلف عبادى و اقتصادى و حقوقى و سياسى نازل شد كه فهم جزئيات آنها نيازمند بيان پيامبر صلى الله عليه و آلهبود و اين روند تا پايان حيات نبى گرامى اسلام ادامه داشت و با به پايان رسيدن دوران زندگانى پيامبر صلى الله عليه و آله نقطه عطفى در تاريخ اسلام پيدا شد و مسلمانان درباره جانشينى پيامبر صلى الله عليه و آله به دو دسته تقسيم شدند؛ گروهى ـ كه اكثريت مسلمانان را تشكيل مى داد و مسأله جانشينى پيامبر صلى الله عليه و آله را انتخابى مى دانستند ـ پايه گذار مكتب خلفا گرديدند. و گروه ديگر ـ كه در ظاهر اندك و مغلوب اين ميدان بودند و مسأله جانشينى پيامبر را امرى انتسابى از جانب خدا مى دانستند كه توسط پيامبر صلى الله عليه و آله در غدير خم ابلاغ شده بود ـ مكتب اهل بيت را تشكيل مى دادند. با پيدايش اين دوران، فهم و تفسير قرآن با مشكلاتى روبه رو شد و ضرورت هايى را مى طلبيد كه نتيجه اين دوران بود. با به قدرت رسيدن مكتب خلفا، وجود روايات زيادى كه بيانگر زمينه نزول آيات قرآن بودند و برخى از آنها در اثبات حقانيت مكتب اهل بيت عليهم السلاموارد شده بودند و برخى هم موجب تقبيح و رسوايى ديگران بودند، با شعار«حسبنا كتاب اللّه » مهجور گرديدند.
در كتاب بصائر الدرجات در روايتى ـ كه از امير المؤمنين عليه السلامنقل شده است ـ به اين حقيقت اشاره دارد:
عن زاذان قال : سمعت عليا عليه السلام يقول : ما من رجل من قريش جرت عليه المواسي إلا وقد نزلت فيه آية أو آيتان تقوده إلى الجنة أو تسوقه إلى النار ....^۱
نيز از ابوذر رضى الله عنه روايت شده كه:
أنه لما توفي رسول اللّه صلى الله عليه و آله جمع علي عليه السلام القرآن وجاء به إلى المهاجرين والانصار وعرضه عليهم، كما قد أوصاه بذلك رسول اللّه صلى الله عليه و آله، فلما فتحه أبو بكر خرج في أول صفحة فتحها فضائح القوم ، فوثب عمر و قال : يا علي! اردده فلا حاجة لنا فيه ، فأخذه علي عليه السلاموانصرف....^۲
ولى مسأله تنها به اينجا ختم نشد، بلكه گسترش اسلام به سرزمين هاى دور و مسلمان شدن ناآشنايان به زبان عربى و تاريخ و حوادث دوران پيامبر صلى الله عليه و آله و پرسش هاى پى درپى آنان براى فهميدن آيات قرآن، و نيز وجود دشمنان ديرين اسلام، و تحريف شدن اسباب نزول آيات و ورود اسرائيليات توسط عوامل نفوذى يهود، تفسير و فهم قرآن از مسير دوران پيامبر منحرف گرديد. اهل بيت عليهم السلامكه مفسران واقعى قرآن بودند، در برابر اين انحرافات ساكت نماندند و تلاش فروانى براى حفظ محتواى قرآن نمودند.