مقصود از باطن قرآن، درك و فهم محتواى درونى الفاظ است كه خود را به آسانى در دسترس مخاطب قرار نمى دهند گاه ظاهر آيه امرى واضح و بديهى را گوشزد مى كند. به آسانى مى توان يافت كه مقصود آيه تنها ناظر به ظاهر كلام نيست. در اين گونه موارد، ائمه عليهم السلامباطن ولايه معرفتى ديگر آيه را بيان كرده اند.
از امام صادق عليه السلام مقصود و مراد آيه «فَلْيَنظُرِ الاْءِنسَـنُ إِلَى طَعَامِهِ»^۱ را پرسيده اند. بديهى است كه معناى ظاهرى آيه براى همه معلوم است. زيد شحام پرسيده است: مقصود از طعام چيست؟ و امام فرموده اند: علمه الذى يأخذه عمن يأخذه. ^۲
علامه مجلسى رحمه الله در ذيل اين روايت نوشته است: هذا احد بطون الاية الكريمة. ^۳
همچنين از معصومين عليهم السلام نقل شده است كه مقصود از «وَيُحِلُّ لَهُمُ الطَّيِّبَـتِ»^۴ آن است كه علم را از عالمان واقعى فراگيرند. ^۵
در موردى ديگر معناى نهفته «يُخْرِجُ الْحَىَّ مِنَ الْمَيِّتِ وَمُخْرِجُ الْمَيِّتِ مِنَ الْحَىِّ»^۶ را اينگونه بيان كرده اند:
فَالْحَيُّ الْمُو?مِنُ الَّذِي تَخْرُجُ طِينَتُهُ مِنْ طِينَةِ الْكَافِرِ وَ الْمَيِّتُ الَّذِي يَخْرُجُ مِنَ الْحَيِّ هُوَ الْكَافِرُ الَّذِي يَخْرُجُ مِنْ طِينَةِ الْمُو?مِنِ فَالْحَيُّ الْمُو?مِنُ وَ الْمَيِّتُ الْكَافِرُ؛^۷
امام باقر عليه السلام درباره آيه «قُلْ أَرَءَيْتُمْ إِنْ أَصْبَحَ مَآؤُكُمْ غَوْرًا فَمَن يَأْتِيكُم بِمَآءٍ مَّعِينِ»^۸ فرموده اند:
هذه الآية نزلت فى القائم يقول: إن اصبح امامكم غائبا عنكم لاتدرون أين هو فمن يأتيكم بامام ظاهر ياتيكم بأخبار السماء والارض وحلال اللّه عزول و حرامه ثم قال عليه السلامواللّه ما جاء تأويل هذه الاية ولابد أن يحى ء تأويلها.^۹
در تبيين معناى «ثُمَّ لْيَقْضُواْ تَفَثَهُمْ وَ لْيُوفُواْ نُذُورَهُمْ»^۱۰ روايتى نقل شده كه جامع بين معناى ظاهر و باطن آيه است :