حجية الظنون تا آخر ظواهر الكتاب و بعضى از مسائل فقهى و خلل نماز ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 9591 و 9592 و 9956 ؛ كتاب خانه آيت اللّه مرعشى ، ش 8765.
20 . حاشيه بر خلاصة الحساب شيخ بهايى (م 1031 ق).
21 . حاشيه بر تشريح الأفلاك شيخ بهايى (م 1031 ق).
22 . حاشيه بر الروضة البهية ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 12364.
23 . حاشيه بر رياض المسائل ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 8571.
24 . حاشيه بر فرائد الاُصول ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 8222.
25 . حاشيه بر قوانين الاُصول ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 7236 و كتا خانه آيت اللّه مرعشى ، ش 8075 و 8504.
26 . حاشيه بر منهج المقال ميرزا محمد على استرآبادى (م 1028 ق).
27 . حساب جمل.
28 . ذريعة العباد در اصول و فروع دين ؛ اين كتاب در بمبئى ، سال 1324 ق ، به چاپ رسيده و نسخه اى از آن در كتاب خانه آستان قدس رضوى ، به شماره 9356 موجود است.
29 . رساله اجازه كبير روايت در حديث كه به شاگر خود سيد ناصر حسين فرزند سيد حامد حسين هندى نگاشته اند.
30 . رساله اسرافيه.
31 . رساله در توحيد.
32 . رساله در جفر ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 12366.
33 . رساله در حدود ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 12365.
34 . رساله در رمل ، نسخه: كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ش 12366.