فصل چهارم : در بيان كشف و اقسام آن ؛
فصل پنجم : در بيان فرق ميان رسول و نبى و امام و ولى ؛
فصل ششم : در معنى نبوت و ولايت ؛
فصل هفتم : نبوت و ولايت مطلقه و مقيده ؛
فصل هشتم : تعيين خاتم نبوت مطلقه و مقيده و خاتم ولايت مطلقه و مقيده ؛
فصل نهم : شمه اى از اوصاف حقيقت محمديه؛
خاتمه : در شرح حديث حقيقت .
از اين كتاب تاكنون يك نسخه شناسايى شده كه در كتاب خانه آستان قدس رضوى نگهدارى مى شود. ۱
همچنان كه ملاحظه مى شود خلخالى در خاتمه عيون الأسرار المكتومة حديث حقيقت را شرح كرده است . اين بخش به دليل اهميت آن در اين جا تقديم ارباب نظر مى شود . ۲ شرح خلخالى به روش عرفانى برگزار شده و مؤلف ، دقائق اين حديث را تفسير فلسفى و عرفانى نموده است.
روش تصحيح
قبلاً ذكر شد كه نسخه منحصر كتاب عيون الأسرار در كتاب خانه آستان قدس رضوى به شماره 806 نگهدارى مى شود. اين نسخه در سال 1263 در زمان حيات مؤلف ، به دست على اكبر بن محمد كريم طبيب ساليانى كتابت شده است. اين نسخه را مرحوم حاج عماد فهرستى
1.فهرست نسخه هاى خطى كتاب خانه آستان قدس رضوى ، ج ۴ ، ص ۲۱۰؛ فهرست نسخه هاى خطى فارسى، احمد منزوى ، ج ۲، ص ۱۲۸۹.
2.شايان ذكر است تمامى كتاب عيون الأسرار در دست تصحيح بوده و به مناسبت بزرگداشت سال نبوى منتشر خواهد شد.