در مسئله دوم، یعنی چگونگی ترتیب سوره ها، سه دیدگاه «توقیفی» و «اجتهادی» بودن ترتیب سوره‌های قرآن، و «توقیفی بودن بیشتر سوره‌های قرآن»، مفصلاً با ذکر شواهد و نقد آن‌ها، طرح و نظریه نهایی بیان می‌شود: «می‌توان برخی از قائلان دیدگاه دوم (اجتهادی بودن ترتیب سور) مانند علامه طباطبایی و آیة الله معرفت را نیز به گروه سوم ملحق کرد؛ زیرا ایشان نیز با ترتیب بسیاری از سوره‌ها در زمان پیامبر صلی الله علیه وآله موافق، و بر این باورند که شواهد تاریخی فقط از اثبات ترتیب همه سوره‌ها به مفهوم مطلق آن ناتوان است؛ ولی ترتیب بیشتر سوره‌ها را می‌تواند ثابت کند، و این قولی است که می‌توان با آن موافقت نمود».
در مسئله سوم، یعنی چگونگی ترتیب آیات، با اشاره به اختلاف نظر قرآن‌پژوهان در باره زمان تدوین و تنظیم آیات، برای دیدگاه توقیفی بودن نظم آیات، به پنج دسته از روایات استدلال می‌شود که «به نظر می‌رسد که اگر چه بر شماری از روایات یاد شده اشکالاتی چون ارسال، ضعف سند و تمام نبودن دلالت وارد است، ولی از مجموع آن‌ها و نیز اهتمام فوق العاده پیامبر صلی الله علیه وآله به صیانت از قرآن و نیز گرایش اکثر قرآن‌پژوهان به این نظر، می‌توان توفیقی بودن ترتیب آیات سوره‌ها را ترجیح داد ... علامه طباطبایی با اذعان به این که بسیاری از سور قرآن، پیش از رحلت پیامبر صلی الله علیه وآله در میان مسلمانان معروف بوده و نام این سوره‌ها در احادیث پر شماری در گزارش نماز رسول خدا به ما رسیده، بر این باور است که روایات و ادله یادشده، توفیقی بودن ترتیب همه آیات قرآن را ثابت نمی‌کنند. وی با استناد به روایاتی که کتابت قرآن را به ترتیب نزول گزارش می کنند و جدایی هر سوره را با نزول "بسم الله" می‌دانند، نتیجه می‌گیرد که چینش قرآن در زمان پیامبر صلی الله علیه وآله به ترتیب نزول بوده است و بر این اساس باید آیات مکی در سوره های مکی و آیات مدنی در سوره‌های مدنی باشند ...».
چگونگی توحید مُصاحَف، مسئله چهارم این پژوهش است که سیر تاریخی توحید مصاحف را چنین گزارش می‌کند: «به نظر می‌رسد که ارائه دیدگاهی قطعی در موضوع جمع قرآن، به دلیل متناقض بودن روایات، ممکن نباشد. با این حال، با نگاهی جامع به مجموع روایات و گزارش‌های تاریخی می‌توان گفت که جمع قرآن، در سه مرحله اتفاق افتاده است:
1. جمع‌آوری قرآن در زمان پیامبر صلی الله علیه وآله: در این دوره، قرآن به مدت 23 سال به صورت پراکنده نازل می‌شد و پیامبر خدا صلی الله علیه وآله آن را با آرامی بر مسلملنان می‌خواند و آن‌ها آن را به