34 . الحاشية على مدارك الأحكام، نسخة منه في مكتبة المرعشي بالرقم 3854 . ^۱
35 . الحاشية على المطوّل . ^۲
36 . الحاشية على معالم الدين، نسخة منه في كرمانشاه، قال في آخره:
وليكن هذا آخر ما أراد العبد المذنب محمّد جعفر الإسترآبادي تأليفه من تحقيقات الاُستاذ المحقّق، والسند العماد المدقّق، العالم الربّاني مولانا... .
37 . حكم المرأة المفقود عنها زوجها، نسخة منه في مكتبة المرعشي بالرقم 3851، واُخرى بالرقم 3889 . ^۳
38 . حياة الأرواح ، في الاُصول الدينيّة الخمسة، فيه إبطال عقائد الشيخ أحمد الأحسائي، نسخة منه في مكتبة المرعشى بالرقم 726، واُخرى بالرقم 5246 . ^۴
39 . خزائن العلوم، بحث فيه المسائل الّتي يحتاج إليها المجتهد في عمليّة الاستنباط، وهو مختصر من كتابه موائد العوائد، في مكتبة المرعشي بالرقم 1531 و3066 و3856 و4023 . ^۵
40 . دستور العمل، فتاوى في الطهارة والصلاة والصوم والحجّ والزكاة والخمس، نسخة منه في مكتبة المرعشي بالرقم 3061 . ^۶
41 . دلائل المرام في تفسير آيات الأحكام، لم يتمّ . ^۷
42 . الردّ على الصوفيّة، نسخة منه في مكتبة المرعشي بالرقم 3851 . ^۸
43 . رسالة في آداب المتعلّمين . ^۹