1. ايشان، در بحث‌هاي کلامي، در ذيل آيات مربوط به اين مباحث، عنواني را مطرح کرده و سپس درباره آن، بحث مي‌کند. وي در اين گونه موضوعات، بحث را از تعاريف لغوي و اصطلاحي شروع مي‌کند و به تبيين انحاي مختلف موضوع مي‌پردازد. براي نمونه، در مبحث امامت، در ابتدا به تبيين معناي لغوي و اصطلاحي «امام» مي‌پردازد. سپس عقايد فريقين درباره چگونگي انتساب امام( از طرف شارع را مطرح مي‌کند. وي با ارائه نظريه فريقين درباره امامت و ترجيح نظر شيعه با ادلّه معتبر، کلّ بحث را به صورت خيلي موجز، در حدّ دو صفحه، به پايان مي‌برد و خيلي وارد اختلافات فرقه‌اي نمي‌شود (همان: ص 196 ـ 198). اين شيوه هم در جهت ارائه تفسيري است که مخاطب را اقناع کند. (ر.ک: همان: ص 13 که به سخن مؤلّف در مقدّمه تفسير خود، اشاره دارد).
2. ايشان، در مباحث اعتقادي، با رويکردي عقل‌گرايانه، به بيان، بررسي و نقد آنها مي‌پردازد و در پايان، ضمن برگزيدن نظر مختار، آن را با روايات، اثبات مي‌کند. براي نمونه، وي بحث رؤيت و عدم رؤيت خداوند را در ذيل آيات 55 تا 57 سوره بقره وَإِذْ قُلْتُمْ يَا مُوسَى لَن نُّؤْمِنَ لَكَ حَتَّى نَرَى اللَّهَ جَهْرَةً فَأَخَذَتْكُمُ الصَّاعِقَةُ... مطرح نموده است و در ضمن آن، به نزاع موجود بين فرقه‌هاي مختلف مذهبي اسلامي اشاره مي‌کند و اين که آيا عقل، رؤيت خداوند را با ديده سر، جايز مي‌داند يا خير؟
او در ابتدا، نظر اشاعره را بيان مي‌کند که ديدن خدا را با چشم ظاهري، عقلاً جايز مي‌دانند، به اين سبب که موجود است و هر چيز موجود، قابل رؤيت. آن گاه، در مقابل آن، نظر اماميه را بيان مي‌کند که: ديدن خداوند با چشم ظاهري، هم در دنيا و هم در آخرت، محال است؛ چرا که نه جسم است، نه در جسمي حلول کرده، و نه چيزي است که در مکاني قرار گيرد. اين دو طايفه، چون رؤيت خداوند را با ديده ظاهري، محال مي‌دانند، آيات دالّ بر اين مطلب را بر رؤيت خدا با ديده عقل و بصيرت، حمل کرده‌اند، نه ديدن با چشمِ سر. در ادامه، تعبير ملاّ صدرا را ذکر مي‌کند که ديدن خدا، با حقايق ايمان ممکن است، نه با اعضاي بدن.
مفسّر، در خاتمه مي‌گويد: به نظر من، مقصود ملا صدرا اين است که چشم، به دو شرط، چيزي را مي‌بيند: نخست آن که چشم، قابليت ديدن را داشته باشد. دوم آن که شيء، قابليت ديدن را داشته باشد و اين، امري است بديهي که وقتي چشم، قابليت ديدن را از دست بدهد يا آن که شيء، قابليت ديدن را نداشته باشد، قهراً رؤيتي صورت نمي‌گيرد و چشم، کوچک‌تر و حقيرتر از آن است که ذات قدسي خداوند را ببيند، همان طور که شأن او اجلّ از اين است که با چشمي ديده شود (ج 1 ص 108).
3. مفسّر محترم، از آيات قرآني ديگر، در جهت تبيين موضوع، بهره مي‌گيرد. وي، آيات مخصّص را در کنار آيات عام، و آيات مقيد را در کنار آيات مطلق مي‌گذارد و به وجه جمع آنها